Το μεγαλύτερο ερημητήριο της Κρήτης, φυσικά απομονωμένο από τον υπόλοιπο πολιτισμό, ήταν τα δύσβατα Αστερούσια Όρη όπου λέγεται ότι έμεινε για δύο χρόνια ο Απόστολος Παύλος. Εκατοντάδες σπηλιές από τον Άγιο Νικήτα, τον Κουδουμά, τον Άγιο Αντώνιο, τον Άγιο Ιωάννη ως και το Ακρωτήριο Λίθινο, φιλοξένησαν τους φιλέρημους Χριστιανούς κάθε εποχής. Οι σχέσεις ανάμεσα στους ασκητές ήταν τόσο περιορισμένες, που στο Αγιοφάραγγο και το Μάρτσαλο μαζεύονταν μόνο μια φορά το χρόνο, στο Γουμενόσπηλιο, για να μετρηθούν και να δουν πόσοι επιζούν.
Ναός Παναγίας Καπετανιανών 
Τα Καπετανιανά βρίσκονται στη θέση της πρώην μονής του Κύριε Ελέησον, ένα από τα σημαντικότερα κέντρα μοναχισμού στην Κρήτη όπου άνθισαν οι τέχνες και τα γράμματα. Κατά την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας το μοναστήρι έπαυσε να λειτουργεί.
Μονή Παναγίας Κουδουμά 
Η Μονή Κουδουμά βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού «Καταρράκτης» στα Αστερούσια Όρη, 80km νότια του Ηρακλείου και μόλις 40m από μια πανέμορφη παραλία. Είναι από τις πλέον απομονωμένες μονές της Κρήτης, καθώς η πρόσβαση από το Ηράκλειο απαιτεί 2,5 ώρες.
Λίγα μέτρα ανατολικά των Άνω Καπετανιανών, πάνω στο δρόμο που οδηγεί στον Άη Γιάννη, συναντάμε τον μεγάλο μονόχωρο ναό του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ενώ εξωτερικά θυμίζει σύγχρονη εκκλησία, στο εσωτερικό του ο επισκέπτης θα εντυπωσιαστεί από τις τοιχογραφίες που χρονολογούνται στην περίοδο της Ενετοκρατίας. Παρά την φθορά που έχουν υποστεί από το χρόνο, εξακολουθούν να αποτελούν εξαίσιο δείγμα εκείνης της περιόδου. Πάνω στους τοίχους υπάρχουν χαράγματα από τους διάφορους περιηγητές.
Η Μονή των Τριών Ιεραρχών βρίσκεται σε μια από τις πιο αφιλόξενες περιοχές της Κρήτης, στην περιοχή Λουσούδι στα άγρια Αστερούσια Όρη. Ιδρύθηκε τον 14ο αιώνα κοντά στην κορυφή Κόφινας σε υψόμετρο 880μ, και θεωρείται από τον αρχαιολόγο Αθανάσιο Παλιούρα ως το «πρώτο» Ελληνικό Πανεπιστήμιο.
Ο οικισμός έχει μεγάλη ιστορία και αρκεί μια βόλτα μέσα στα άναρχα στενά του για να το αντιληφθεί κανείς. Το όνομα του το χωριό το παίρνει από τους 3 βυζαντινούς ναούς που υπήρχαν εδώ και χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα, τότε που τα απομονωμένα Αστερούσια όρη αποτέλεσαν ένα από τα σημαντικότερα ερημητήρια της Κρήτης.
Λίγο ανατολικά από τον αρχαιολογικό χώρο του Ασκληπιείου και πάνω στο δρόμο θα δείτε τη μικρή Βυζαντινή Εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, που κτίστηκε από υλικά παλαιοχριστιανικής Βασιλικής, η ύπαρξη της οποίας πιστοποιεί ότι η πόλη ήκμασε ως και τα Βυζαντινά χρόνια.
Η Μονή του Αγίου Αντωνίου Απεζανών είναι κτισμένη σε ένα βραχώδες υψίπεδο των Αστερουσίων Όρεων, σε υψόμετρο 440m, περίπου 63km νότια του Ηρακλείου. Από το σημείο αυτό ξεκινάει η μεγάλη κοιλάδα του Αντισκαρίου που καταλήγει στα Πλατειά Περάματα.
Σπήλαιο Γουμενόσπηλιος 
Ο Γουμενόσπηλιος είναι ένα μικρό σπήλαιο που βρίσκεται μέσα στο Αγιοφάραγγο, περίπου 80km νότια του Ηρακλείου. Η είσοδος του είναι πολύ μικρή, αλλά μέσα μεγαλώνει και η οροφή έχει μια τρύπα από όπου μπαίνει το φως, θυμίζοντας θολωτό τάφο. Το σπήλαιο δεν έχει διάκοσμο, αλλά παρόλα αυτά είναι ιστορικό.
