Η επαρχία Μυλοποτάμου φιλοξένησε πολλά μικρά μοναστήρια. Τα δύσβατα παράλια φιλοξένησαν πολλά ασκητικά κέντρα, τα οποία αναγκάστηκαν να μεταφερθούν στην ενδοχώρα με την έλευση των διαφόρων πειρατών.
Παλαιοχριστιανική Βασιλική Κατσίβελου στην Ελεύθερνα 
Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.
Στην περιοχή ήταν κτισμένο το μοναστήρι των Αγίων 318 Θεοφόρων Πατέρων της Α΄ Οικουμενικής Συνόδου (325 μ.Χ.). Η μονή σταμάτησε να λειτουργεί με την αύξηση της πειρατείας στις αρχές της Ενετοκρατίας, αλλά σήμερα έχει μείνει μόνο το εκκλησάκι να τη θυμίζει.
Στο μέσον περίπου της απόστασης Ηρακλείου Ρεθύμνου και λίγο πριν το Μπαλί, πάνω ακριβώς στην εθνική οδό συναντάμε το προσκύνημα της Παναγίας της Χαρακιανής. Η Παναγία η Χαρακιανή αποτελεί σήμερα το μεγαλύτερο προσκύνημα σε ολόκληρο το νομό Ρεθύμνου και πλήθος κόσμου συρρέει να τιμήσει την χάρη της όλο τον χρόνο.
Ο ναός της Παναγίας σώζει δυο στρώματα τοιχογραφικού διακόσμου. Το αρχαιότερο στρώμα εντοπίζεται στα δυτικά γωνιακά διαμερίσματα και χρονολογείται στον 11ο αιώνα. Στο βόρειο τοίχο αναπτύσσεται σε πυκνή παράταξη σειρά ολόσωμων αγίων και μαρτύρων με τους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη.
Ο ναός της Παναγίας της Πανωκαστριανής βρίσκεται πανω από το Καστρί Μυλοποτάμου, στο σημείο που ήταν κτισμένο το ερειπωμένο φρούριο Πάνω Καστέλι. Το Καστρί υπήρξε η έδρα και το ορμητήριο της ισχυρότερης χριστιανικής οικογένειας κατά την Ενετοκρατία, των Καλλέργηδων, των οποίων τα οικόσημα εντοπίζονται στην αψίδα του ιερού..
Ένα από τα πολλά εκκλησάκια που είναι αφιερωμένα στον Άγιο Ιωάννη αλλά παραμένει εντελώς άσημο και με ελάχιστους επισκέπτες βρίσκεται πάνω στον δρόμο που ενώνει τα χωριά Επισκοπή και Κεφάλι Μυλοποτάμου Ρεθύμνου. Ο Άγιος Ιωάννης στέκεται ακριβώς την άκρη του δρόμου και με την πρώτη ματιά δείχνει να έχει το σχήμα και την όψη ενός νέου σχετικά ναού κατασκευασμένου στον εικοστό αιώνα.
Ο ναός της Παναγίας της Φανερωμένης βρίσκεται στον Άγιο Ιωάννη Μυλοποτάμου και ιδρύθηκε επί αυτοκρατορίας του Ανδρόνικου Β' Παλαιολόγου (1282-1328). Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου, ο οποίος επεκτάθηκε προς τα δυτικά τον 16ο αιώνα. Στα νότια της επέκτασης προστέθηκε ταφικό παρεκκλήσι με ογκώδη σαρκοφάγο.
Στο κέντρο του μικρού χωριού Έρφοι στην επαρχία Μυλοποτάμου συναντάμε τον ναό του Αγίου Ιωάννη. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε καλή κατάσταση.
