Ο ερειπωμένος καθεδρικός ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στην Επισκοπή Μυλοποτάμου, είναι εγγεγραμμένη σταυροειδής με τρούλο και κατασκευάστηκε τον 13ο αιώνα πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 5ου αιώνα. Αποτέλεσε τον Καθεδρικό ναό και την έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας.
Ο Τίμιος Σταυρός ή Κουλούκωνας (1076μ) αποτελεί τη δεύτερη ψηλότερη κορυφή των Ταλαίων Ορέων μετά τον Κουτσοτρούλη (1084μ). Στην κορυφή είναι κτισμένος ο ναός του Τιμίου Σταυρού και η πρόσβαση γίνεται από τα Απλαδιανά μέσω χωματόδρομου αρχικά και στη συνέχεια από μονοπάτι.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.
Σε απόσταση 250m από τη θάλασσα θα δείτε το ερειπωμένο μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου, από το οποίο μόνο το εκκλησάκι σώζεται. Η μονή προφανώς εγκαταλείφθηκε λόγω των συχνών πειρατικών επιδρομών κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας.
Η έρημη σήμερα μονή της Κοίμησης της Θεοτόκου στον Αστυρακιά, βρίσκεται σε μια ειδυλλιακή τοποθεσία στην ανατολική πλευρά του Αρκαδιώτικου Φαραγγιού. Από το μικρό αυτό μοναστήρι σώζεται ο ναός και ίχνη από τα κελιά, ενώ εντύπωση προκαλούν οι αναβαθμίδες που χρησιμοποιούνταν για να κρατούν το χώμα και να καλλιεργούν.
Ένα από τα πολλά εκκλησάκια που είναι αφιερωμένα στον Άγιο Ιωάννη αλλά παραμένει εντελώς άσημο και με ελάχιστους επισκέπτες βρίσκεται πάνω στον δρόμο που ενώνει τα χωριά Επισκοπή και Κεφάλι Μυλοποτάμου Ρεθύμνου. Ο Άγιος Ιωάννης στέκεται ακριβώς την άκρη του δρόμου και με την πρώτη ματιά δείχνει να έχει το σχήμα και την όψη ενός νέου σχετικά ναού κατασκευασμένου στον εικοστό αιώνα.
Ακολουθώντας το χωματόδρομο που οδηγεί από τα Μουρτζανά Μυλοποτάμου στον εγκατελελλειμένο οικισμό των μυλωνάδων, τις Μούσες, περνάμε από τη Μονή του Δεσπότη Χριστού. Η μονή που βρίσκεται στο δυτικό πλευρό της κοιλάδας των Μουσών σώζει το καθολικό της που είναι κτισμένο στη βάση αιωνόβιου κυπαρισσιού. Ο ναός ανάγεται στην εποχή της Ενετοκρατίας και φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο. Το μοναστήρι του Σωτήρα Χριστού είναι έρημο από το 1864 και είχε λειτουργήσει ως μετόχι του Παναγίου Τάφου.