Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.
Στο κέντρο του μικρού χωριού Έρφοι στην επαρχία Μυλοποτάμου συναντάμε τον ναό του Αγίου Ιωάννη. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε καλή κατάσταση.
Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.
Βρίσκεται μέσα στον ιστό του χωριού και λίγα μέτρα δυτικά του λόφου της Αρχαίας Αξού. Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου με τρούλο, στον οποίο έχει προστεθεί στα δυτικά νάρθηκας. Χρονολογείται στον 14ο και στο εσωτερικό διατηρούνται ελάχιστα ίχνη από τον τοιχογραφικό διάκοσμο.
Σε μια κοιλάδα κατάφυτη από πορτοκαλιές νοτιοδυτικά του Φόδελε, στην περιοχή Δασούρα, βρίσκονται οι Τρεις Εκκλησιές. Πρόκειται για το ναό της Ευαγγελίστριας που σώζεται (ανακαινισμένος) και για κατάλοιπα κτιρίων λίγο παραδίπλα πνιγμένων στη βλάστηση που αποδίδονται στον Άγιο Γεώργιο και στον Άγιο Νικόλαο.
Στο κέντρο του χωριού Αξός Μυλοποτάμου και ακριβώς πάνω από την κρήνη που ξεδιψάει τον επισκέπτη με το γάργαρο νερό της, βρίσκεται ο δίκλιτος ερειπωμένος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ο ναός έχει κτιστεί πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, της οποίας διακρίνονται ακόμη τα ίχνη της μεγάλης ημικυλινδρικής αψίδας του ιερού βήματος.
Ο ναός της Παναγίας της Πανωκαστριανής βρίσκεται πανω από το Καστρί Μυλοποτάμου, στο σημείο που ήταν κτισμένο το ερειπωμένο φρούριο Πάνω Καστέλι. Το Καστρί υπήρξε η έδρα και το ορμητήριο της ισχυρότερης χριστιανικής οικογένειας κατά την Ενετοκρατία, των Καλλέργηδων, των οποίων τα οικόσημα εντοπίζονται στην αψίδα του ιερού..
Ο ναός της Παναγίας της Φανερωμένης βρίσκεται στον Άγιο Ιωάννη Μυλοποτάμου και ιδρύθηκε επί αυτοκρατορίας του Ανδρόνικου Β' Παλαιολόγου (1282-1328). Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου, ο οποίος επεκτάθηκε προς τα δυτικά τον 16ο αιώνα. Στα νότια της επέκτασης προστέθηκε ταφικό παρεκκλήσι με ογκώδη σαρκοφάγο.