Η επαρχία Μυλοποτάμου φιλοξένησε πολλά μικρά μοναστήρια. Τα δύσβατα παράλια φιλοξένησαν πολλά ασκητικά κέντρα, τα οποία αναγκάστηκαν να μεταφερθούν στην ενδοχώρα με την έλευση των διαφόρων πειρατών.
Ναός Αγίας Ειρήνης στην Αξό 
Βρίσκεται μέσα στον ιστό του χωριού και λίγα μέτρα δυτικά του λόφου της Αρχαίας Αξού. Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου με τρούλο, στον οποίο έχει προστεθεί στα δυτικά νάρθηκας. Χρονολογείται στον 14ο και στο εσωτερικό διατηρούνται ελάχιστα ίχνη από τον τοιχογραφικό διάκοσμο.
Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στον προαύλιο χώρο του νεότερου ναού των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης στην όμορφη Αξό Μυλοποτάμου.
Σε μια κοιλάδα κατάφυτη από πορτοκαλιές νοτιοδυτικά του Φόδελε, στην περιοχή Δασούρα, βρίσκονται οι Τρεις Εκκλησιές. Πρόκειται για το ναό της Ευαγγελίστριας που σώζεται (ανακαινισμένος) και για κατάλοιπα κτιρίων λίγο παραδίπλα πνιγμένων στη βλάστηση που αποδίδονται στον Άγιο Γεώργιο και στον Άγιο Νικόλαο.
Στο κέντρο του χωριού Αξός Μυλοποτάμου και ακριβώς πάνω από την κρήνη που ξεδιψάει τον επισκέπτη με το γάργαρο νερό της, βρίσκεται ο δίκλιτος ερειπωμένος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ο ναός έχει κτιστεί πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, της οποίας διακρίνονται ακόμη τα ίχνη της μεγάλης ημικυλινδρικής αψίδας του ιερού βήματος.
Στη γειτονιά Καβαλαριά στο Αρμί των Ανωγείων Μυλοποτάμου βρίσκεται ο επιβλητικός δίκλιτος ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου και των Εισοδίων της Παναγίας. Στο εσωτερικό του υπάρχει εντυπωσιακό ξυλόγλυπτο τέμπλο με ανάγλυφες λεπτομέρειες. Το νότιο κλίτος φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο των αρχών του 14ου αιώνα.
Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.
