Περίπου 300μ. έξω από τη μονή βρίσκεται η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας με παλιές τοιχογραφίες. Η εκκλησία φέρει το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη, μιας από τις σπουδαιότερες οικογένειες της Ενετικής περιόδου, γεγονός που υποδηλώνει ότι η περιοχή ήταν δικό της φέουδο.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική της Αγίας Σοφίας βρίσκεται νότια του Πανόρμου και αποτελεί μια από τις μεγαλύτερες παλαιοχριστιανικές βασιλικές της Κρήτης με μήκος 54μ. και πλάτος 23μ.. Η Βασιλική ανασκάφηκε το 1948 από τους Κ. Καλοκύρη και Ν. Πλάτωνα και κτίστηκε τον 5-6ο αιώνα, όπως άλλωστε οι περισσότερες παραθαλάσσιες βασιλικές της εποχής.
Ένα από τα πλέον ιδιαίτερα θρησκευτικά μνημεία, συναντάμε λίγο βόρεια του χωριού Δαμαβόλου στον Μυλοπόταμο. Είναι ο ναός των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, ο οποίος είναι κτισμένος με την ίδια αρχιτεκτονική που έκτιζαν τους θολωτούς τάφους και τα μιτάτα οι πρόγονοί μας. Ο ναός δεν είναι παλαιός, αλλά η ιδιαίτερη του αρχιτεκτονική είναι άξια αναφοράς.
Στη γειτονιά Καβαλαριά στο Αρμί των Ανωγείων Μυλοποτάμου βρίσκεται ο επιβλητικός δίκλιτος ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου και των Εισοδίων της Παναγίας. Στο εσωτερικό του υπάρχει εντυπωσιακό ξυλόγλυπτο τέμπλο με ανάγλυφες λεπτομέρειες. Το νότιο κλίτος φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο των αρχών του 14ου αιώνα.
Κοντά στο Δημοτικό Σχολείο του χωριού Σκουλούφια υπάρχει ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας, του οποίου η στέγη έχει καταρρεύσει. Ο ναός που χρονολογείται από το 1410 δε φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο, αλλά σώζεται ακόμη ένα πολύ όμορφο γλυπτό παράθυρο.
Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.
Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.