Το μικρό αρχαίο Αφροδίσιον ιερό βρίσκεται κοντά στον οικισμό Λενικά και χρονολογείται στον 10πΧ αιώνα. Στην ίδια θέση ιδρύθηκε τον 2ο π.Χ. αιώνα μεγάλος δίχωρος ναός του Άρεως και της Αφροδίτης, όπως μαρτυρούν επιγραφές που βρέθηκαν εδώ.
Σε μια απόκρημνη κορυφή, φυσικά οχυρή, κοντά στο Καλό Χωριό, βρίσκονται τα ερείπια του Υστερομινωικού οικισμού Βρόκαστρο (ή Βρώκαστρο). Ανήκει κι αυτός στους δεκάδες οικισμούς της σκοτεινότερης περιόδου της Κρήτης, μετά την καταστροφή του Μινωικού Πολιτισμού (1200-800πΧ), που κτίστηκαν στις πλέον αφιλόξενες και δύσκολα προσβάσιμες κορυφές των Κρητικών βουνών.
Ο υστερομινωικός οικισμός του Βροντά βρίσκεται σε πανοραμική θέση, 2km νότια του Καβουσίου Ιεράπετρας. Κατοικήθηκε μετά την δύση του Μινωϊκού Πολιτισμού από Μινωίτες που αποσύρθηκαν στις κορυφές των Κρητικών βουνών για να προστατευτούν από τις απειλές των νέων Δωρικών φύλων που κατέλαβαν την Κρήτη.
Στο βραχώδη λόφο Παπούρι Καλόκαμπου που βρίσκεται βορειοανατολικά της παραλίας της Τρυπητής, ψηλά πάνω από την ταβέρνα, έχουν βρεθεί ερείπια ενός πρωτομινωικού οικισμού. Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν το 1986-88 από τον Αντώνη Βασιλάκη. Επίσης νοτιότερα βρέθηκε θολωτός τάφος του 2800-2000πΧ.
Ο τάφος διατηρείται σε άριστη κατάσταση, είναι καλοσυντηρημένος και αρκετά καθαρός. Έχει αρκετά μακρύ διάδρομο εισόδου ενώ το εσωτερικό του είναι αρκετά ευρύχωρο και η πυραμιδοειδής οροφή του είναι αρκετά εντυπωσιακή. Το εντυπωσιακότερο στοιχείο του ταφικού συγκροτήματος όμως είναι ο τεράστιος λαξευτός βράχος.
Ο Υστερομινωϊκός οικισμός του Κάστρου βρίσκεται πάνω σε απόκρημνο λόφο 3km νότια του Καβουσίου, στον οποίο οδηγεί αρχαίο μονοπάτι. Η θέα στον κόλπο του Μιραμπέλου, στο άγριο φαράγγι του Μέσωνα, τα βουνά της Μαλαύρας και το νησί της Ψείρας είναι μοναδική.
Κοντά στο χωριό του Αποδούλου βρίσκεται ο αρχαιολογικός χώρος στη θέση Τουρνές, που ήρθε στο φως μετά από ανασκαφές του Σπύρου Μαρινάτου(δεκαετία 1930). Σε μια θέση πολύ σημαντική στις δυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη, ο οικισμός ήλεγχε το πέρασμα προς την πεδιάδα της Μεσαράς.
Βορειοανατολικά του χωριού Μοναστηράκι, στη θέση Κόκκινος Χάρακας, έχουν εντοπιστεί ανακτορικά κτίρια μινωικής εποχής από ανασκαφές που ξεκίνησαν το 1980. Το ανάκτορο υπολογίζεται ότι έχει έκταση περίπου 300 στρέμματα και έχει αποκαλυφθεί ο πυρήνας του.