Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.
Στο κέντρο της παλιάς πόλης, κατηφορίζοντας προς το λιμάνι από την οδό Χάληδων, υπάρχει το ιδιωτικό Λαογραφικό Μουσείο «Κρητικό σπίτι» το οποίο δημιουργήθηκε από το μεράκι δύο γυναικών, της Ασπασίας Μπικάκη και της Ειρήνης Κουμανδράκη.
Το μουσείο ξεκίνησε τις δραστηριότητες του το 2005 και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο το οποίο είναι γνωστό ως «Διοικητήριο». Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας λειτουργεί από το 1984 και φιλοξενεί τα σημαντικότερα αρχαιολογικά ευρήματα από την ανατολική Κρήτη όπως το Παλαίκαστρο, τη Σητεία, τα νησιά του Μόχλους και της Ψείρας, το νεκροταφείο του Αγίου Γεωργίου, το ανάκτορο της Ζάκρου, την ελληνιστική πόλη του Ξερόκαμπου κα
Το μουσείο Εθνικής Αντίστασης του 1941-1945 βρίσκεται στην είσοδο του χωριού. Τα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν το Μάιο του 2003 και παραμένει ανοικτό κάθε μέρα χάρη στην εθελοντική προσφορά μιας κοπέλας.
Το Κρητικό Λαογραφικό και Νεοκλασικό μουσείο μαζί με το εκκλησιαστικό μουσείο και του Ελευθερίου Βενιζέλου, συνθέτουν ένα μοναδικό πολιτιστικό τοπίο, όπου το παρόν συγχέεται με το παρελθόν.
Το Λαογραφικό Μουσείο Αγίου Νικολάου, είναι ιδιωτικό και ιδρύθηκε το 1978. Στεγάζεται στο παλαιό Λιμεναρχείο δίπλα στη Λίμνη Βουλισμένη. Στους χώρους του εκτίθενται αντικείμενα κάθε είδους, δωρεά της Περιηγητικής Λέσχης Αγίου Νικολάου.
Στο μουσείο, εκτός από τη σημαία του κινήματος, εκτίθενται προσωπικά αντικείμενα του Ελευθερίου Βενιζέλου, το απολυτήριο του από το «Βασιλικόν Γυμνάσιον Σύρου» το 1880, πλούσιο φωτογραφικό και αρχειακό υλικό, εφημερίδες της εποχής, στολές και άλλα σημαντικά κειμήλια.