Στην αρχή του δυτικού λιμενοβραχίονα του Ηρακλειώτικου λιμανιού στέκει ακόμη επιβλητικό το μεσαιωνικό φρούριο Κούλες. Το πραγματικό του όνομα είναι Rocca al Mare, όπως το ονόμασαν οι ιδρυτές του Ενετοί. Ο Κούλες, ο μεγάλος Κούλες όπως τον έλεγαν, δεν ήταν ο μοναδικός άρχοντας του λιμανιού. Απέναντι του, στη σημερινή Μαρίνα, υπήρχε μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα ένα δεύτερο μικρότερο φρούριο, ο μικρός Κούλες, το οποίο γκρεμίστηκε για να φτιαχτεί η αποβάθρα
Στο λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκουμε ακόμη και σήμερα τμήμα από τα νεώρια που αποτελούνταν από μεγάλους επιμήκεις θολοσκέπαστους χώρους. Ουσιαστικά πρόκειται για τα καρνάγια των Ενετών που στέγαζαν, φύλαγαν, κατασκεύαζαν και επισκεύαζαν τα πλοία τους.
Απέναντι από τον Μεγάλο Κούλε (Rocca al Mare) που δεσπόζει ακόμη στην είσοδο του Ενετικού λιμανιού του Ηρακλείου, οι Τούρκοι ίδρυσαν ένα μικρότερο πύργο, για να ασφαλίσουν καλύτερα το λιμάνι.