Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Καθίδρυμα Τιμίου Σταυρού στις Καλύβες 
Το καθίδρυμα του Τιμίου Σταυρού «Άγιος Ραφαήλ» είναι άτυπο μικρό μοναστήρι στη θέση Τρία Καμαράκια, δίπλα στην Εθνική Οδό Χανίων - Ρεθύμνου, που έχει κυρίως φιλανθρωπικό χαρακτήρα. Στο χώρο υπάρχει τρίκλιτος ναός αφιερωμένος στους Νεομάρτυρες (Ραφαήλ, Νικόλαο και Ειρήνη), στον Τίμιο Σταυρό και στον Άγιο Εφραίμ.
Η Μονή Αγίου Ιωάννου Προδρόμου βρίσκεται στις Κορακιές Ακρωτηρίου, κοντά στο αεροδρόμιο των Χανίων. Είναι ένα ιστορικό γυναικείο μοναστήρι που είναι γνωστό στους Χανιώτες κι ως Μονή Καλογραιών.
Η Μονή Γουβερνέτου ή Γδερνέτου βρίσκεται 19χλμ βορειοανατολικά των Χανίων, στην βόρεια πλευρά του Ακρωτηρίου Χανίων και κοντά στην Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων. Η πρόσβαση γίνεται μέσω της μονής Αγίας Τριάδας, όπου και υπάρχει πινακίδα για το μοναστήρι.
Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται κοντά στο χωριό Αμνάτος, 23km ανατολικά του Ρεθύμνου. Είναι κτισμένη σε υψόμετρο 500m, πάνω σε ένα εύφορο υψίπεδο με ελαιώνες, αμπελώνες, πεύκα, κυπαρίσσια και πρίνους. Γύρω από το μοναστήρι υπάρχουν πολλά γραφικά εξωκλήσια.
Η Μονή του Πρέβελη (ή της Πρέβελης) βρίσκεται σε απόσταση 37km νότια του Ρεθύμνου, σε μια πανέμορφη φυσική τοποθεσία στις δυτικές πλαγιές του Μεγάλου Ποταμού (Κουρταλιώτικου φαραγγιού) και του φοινικοδάσους της περιοχής. Περιλαμβάνει δύο ξεχωριστά μοναστήρια που βρίσκονται σε απόσταση 1.7km μεταξύ τους, την Κάτω Μονή του Προδρόμου και την Πίσω Μονή του Θεολόγου.
Η μονή Αρσανίου βρίσκεται κοντά στο Παγκαλοχώρι, 11km ανατολικά του Ρεθύμνου, σε μια θέση με πανοραμική θέα στο Κρητικό Πέλαγος. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο και είναι μια σταυροειδής βασιλική με τρούλο. Στη μονή λειτουργεί μουσείο και συνεδριακό κέντρο.
Η Μονή Αγίου Πνεύματος πιθανόν ιδρύθηκε κατά τον 12ο αιώνα και σίγουρα στο τέλος της Ενετοκρατίας ήταν αυτόνομο και σε άνθιση. Στις 15 Ιουνίου 1821 οι Αμπαδιώτες Τούρκοι έσφαξαν τους μοναχούς και πυρπόλησαν το μοναστήρι.
Η Ιερά Μονή Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην τοποθεσία Κατεβατή, 6 χλμ. από το χωριό Ακούμια (ή Κούμια) στα νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 525μ. Για να φτάσει κανείς στο μοναστήρι πρέπει να διανύσει απόσταση 15 λεπτών με το αυτοκίνητο σε χωματόδρομο από την περιοχή Ακούμια.
