Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Αρετίου 
Η Μονή της Αγίας Τριάδας Αρετίου βρίσκεται κοντά στο χωριό Καρύδι (Νεάπολης), σε μια ξηρή και απομονωμένη περιοχή της επαρχίας Μιραμπέλου. Μαζί με τη γειτονική μονή Καρδαμούτζας αποτελούσαν τις σημαντικότερες μονές της περιοχής που στην περιφέρειά της βρίσκονται τα περισσότερα μοναστήρια από κάθε άλλο μέρος στην Κρήτη.
H Μονή Αγίων Νεοφανών Μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης λειτουργεί στην έδρα της Μητρόπολης Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων, στο Σπήλι Αγίου Βασιλείου, όπου φυλάσσεται και η σιαγόνα του Αγίου Ραφαήλ. Εκτός από τον κεντρικό ναό, στο χώρο υπάρχουν ναΐσκοι αφιερωμένοι στον Άγιο Ειρηναίο, στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο, στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη και στον Αρχάγγελο Μιχαήλ.
Η γυναικεία Μονή Κουφής Πέτρας βρίσκεται δυτικότερα της Μονής Κρεμαστών και σε μικρή απόσταση από αυτήν βρίσκεται, πολύ κοντά στη Νεάπολη και στις Βρύσες. Είναι αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Η Μονή της Παναγίας Εξακουστής βρίσκεται σε μια πανέμορφη καταπράσινη τοποθεσία κοντά στις Μάλλες Ιεράπετρας. Σήμερα λειτουργεί ως γυναικείο μοναστήρι, ενώ παλαιότερα ήταν ανδρικό. Εδώ λειτουργεί εργαστήριο υφαντουργίας, ραφείο και αίθουσα εκθέσεως εργοχείρων και άλλων αναμνηστικών.
Η ανδρική Μονή του Αγίου Γεωργίου στο Σελλινάρι είναι κτισμένη στην καρδιά του φαραγγιού του Σελλινάρι, κοντά στο Βραχάσι Λασιθίου και στη Νεάπολη. Δίπλα από το μοναστήρι περνάει η Εθνική Οδός Ηρακλείου – Αγίου Νικολάου και γι’ αυτό το μοναστήρι δέχεται πολλούς επισκέπτες καθημερινά.
Η γυναικεία μονή Παλιανής βρίσκεται σε υψόμετρο 280m δίπλα στο χωριό Βενεράτο, 20km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, κοντά στο φαράγγι του Βενεράτου. Το καθολικό της είναι αφιερωμένο στην κοίμηση της Θεοτόκου, που εορτάζει το Δεκαπενταύγουστο.
Η αρχική μονή του Αγίου Ανδρέα χτίστηκε πολύ παλιά σε μια από τις πλέον απομονωμένες ακτές του Μιραμπέλου, κοντά στο Φινοκαλιά. Σήμερα το παλιό μοναστήρι δεν υπάρχει αλλά έχει κτιστεί η μικρή μεταγενέστερη εκκλησία του Αγίου Ανδρέα που λειτουργεί ως ερημητήριο.
Η Μονή του Αγίου Αντωνίου Άρβης είναι κτισμένη κοντά στην έξοδο του φαραγγιού της Άρβης, σε μια ψηλή τοποθεσία με πανοραμική θέα στην θάλασσα της Άρβης. Σήμερα είναι εγκαταλελειμμένη και μόνο ερείπια κελιών μαρτυρούν το παρελθόν της.
