Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Προφήτη Ηλία στα Ρούστικα 
Η Μονή Προφήτη Ηλία Ρουστίκων βρίσκεται σε ένα ψηλό λόφο με πανοραμική θέα, 20km νότια του Ρεθύμνου, δίπλα στο χωριό Ρούστικα. Είναι ένα σχετικά άγνωστο μοναστήρι της Κρήτης, παρόλο που έχει ιδρυθεί από την εποχή της Ενετοκρατίας και είναι από τα ιστορικότερα στο νησί.
Η Μονή Αττάλης ή Μπαλή βρίσκεται στις πλαγιές του λόφου της Αγίας Υπακοής, δυτικά του Μπαλίου, με πανοραμική θέα στη θάλασσα και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Ρεθύμνου - Ηρακλείου. Στην περιοχή, που μέχρι το 1970 που ανοίχτηκε ο εθνικός δρόμος ήταν απομονωμένη, άνθισε ο μοναχισμός και ο ασκητισμός.
Η Μονή Δισκουρίου βρίσκεται 43km ανατολικά του Ρεθύμνου και θεωρείται μια από τις παλαιότερες μονές της Κρήτης. Η παλαιότητα της αποδεικνύεται από την ύπαρξη του κοντινού κατάγραφου Βυζαντινού ναού του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Η μονή Σωτήρος Χριστού Χαλέπας ή Χαλεπά είναι κτισμένη σε ψηλό λόφο κοντά στα χωριά Τσαχιανά και Βενί, 46km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η θέα προς την κοιλάδα του Μυλοπόταμου από το σημείο αυτό είναι πανοραμική. Παρότι πριν από το 2000 το μοναστήρι ήταν ένα σύνολο από ερείπια, σήμερα έχει αναστηλωθεί σε μεγάλο μέρος.
Η μονή Τιμίου Σταυρού Βωσάκου βρίσκεται σε ένα μικρό οροπέδιο ανάμεσα στις κορυφές Κουτρούλης και Μεσοκόφινας των Ταλαίων Όρεων, 50km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η πρόσβαση στο μοναστήρι με αυτοκίνητο γίνεται μέσω του χωριού Δοξαρό και το τοπίο στη διαδρομή είναι μοναδικό. Δρόμος υπάρχει επίσης κι από τις Σίσες.
Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.
Η μονή της Αγίας Αναστασίας της Ρωμαίας, η πρώτη στην Ελλάδα μονή αφιερωμένη σε αυτήν, ιδρύθηκε το 2008 και άρχισε τη λειτουργία της τον Ιούλιο του 2009. Εκτός από τον κύριο ναό της Αγίας Αναστασίας που εορτάζει στις 29 Οκτωβρίου, υπάρχει το παρεκκλήσι του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού.
Η Μονή Αγίας Ειρήνης είναι σκαρφαλωμένη σε υψόμετρο 260m στους πρόποδες του όρους Βρύσινα, περίπου 5km νότια του Ρεθύμνου. Είναι γυναικείο μοναστήρι κι ένα από τα παλαιότερα της Κρήτης, χτισμένο πριν το 1362.
