Το Μουσείο Ιστορίας της Ταφής αποτελεί έναν πολύ ιδιαίτερο χώρο του Ηρακλείου. Στεγάζεται στο διώροφο οστεοφυλάκιο του παλαιού κοιμητηρίου των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, το οποίο χρονολογείται από το 1890 και παρουσιάζει την ιστορία της ταφής από τη μινωική εποχή ως και σήμερα.
Στο σημείο αυτό έχει ανασκαφεί το μεγαλύτερο νεκροταφείο της εποχής του Χαλκού (4500–3500πΧ) στην Ελλάδα με 302 τάφους, από τους οποίους 50 είχαν ήδη καταστραφεί ή συληθεί. Από τους τάφους ήρθαν στο φως 1800 αγγεία διαφόρων τύπων, λίθινα και χάλκινα αντικείμενα (πέλεκες, χειρόμυλοι, αγκίστρια, αιχμές δοράτων, κλπ.). Οι τάφοι ήταν πρωτόγονοι, θαλαμοειδείς ή απλοί λακκοειδείς σκαμμένοι σε μαλακό βράχο.
Το Λαογραφικό και Γεωλογικό Μουσείο Ζαρού βρίσκεται δίπλα στο ναό του Αγίου Γεωργίου στο Ζαρό και στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό Κρητικό σπίτι. Το Μουσείο είναι δημιουργία του Παγκρήτιου Λαογραφικού Συλλόγου και λειτουργεί από το Νοέμβριο του 2014.
Στην τοποθεσία Πλατύσκινος κοντά στα Αχλάδια Σητείας έχει εντοπιστεί μεγάλος υπόγειος θολωτός τάφος διαμέτρου4.08m, ύψους 4.16m και διαδρόμου 9m. Ο τάφος, εξαιρετικά σπάνιος ειδικά στην Ανατολική Κρήτη, χρονολογείται στην περίοδο 1400-1220πΧ και θεωρείται ότι ήταν έμπνευση από τους τάφους των Μυκηναίων.
Το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη αποδίδει τιμή στον σπουδαίο άνθρωπο του πνεύματος, τον συγγραφέα, στοχαστή, φιλόσοφο, πολιτικό, ταξιδευτή, Νίκο Καζαντζάκη.
Το Αγροτικό Μουσείο Μενέλαου Παρλαμά & Συλλογή Υφαντών Θεανώς Μεταξά-Κανακάκη, στεγάζεται σε πετρόκτιστη φάμπρικα του 19ου αιώνα και οίκημα και ιδρύθηκε από την Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών το 1988.
Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται 500 περίπου αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες τις εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες.
Στο ανατολικό άκρο της παραλίας των Πέρα Γαλήνων, στο Κεφάλι της Σούδας όπως λέγεται, σχηματίζεται ένας μικρός κάβος. Πάνω στο Κεφάλι έχουν βρεθεί τα ερείπια ενός μινωικού οικισμού, ο οποίος θεωρείται ότι ήταν σημαντικό λιμάνι της περιοχής.