Η Πηγή του Αλμυρού βρίσκεται στη βορειοανατολική άκρη του Ψηλορείτη και απέχει μόλις μερικές εκατοντάδες μέτρα από την παραλία των Ελληνοπεραμάτων, 8χλμ ανατολικά της πόλης του Ηρακλείου και κοντά στο Γάζι. Η πηγή, γνωστή ως Μάτι, παρέχει τη μεγαλύτερη ποσότητα από οποιαδήποτε άλλη πηγή της Κρήτης και το νερό κατευθύνεται στη θάλασσα μέσω του υδροβιότοπου του Αλμυρού ποταμού. Επειδή κάπου βαθιά στη γη ανακατεύεται με θαλασσινό, το νερό είναι υφάλμυρο, με εξαίρεση κάποιους μήνες το χειμώνα που είναι γλυκό και πόσιμο.
Έρευνες έχουν δείξει ότι δύο είναι οι κύριοι υδροφόροι ορίζοντες που τροφοδοτούν τη πηγή Αλμυρού. Η οροσειρά του Ψηλορείτη και τα οροπέδια του, όπως η Νίδα, από όπου το νερό μπορεί να χρειαστεί εννέα ώρες για να φτάσει ως την πηγή, και ο άλλος είναι από τα γύρω βουνά. Το μεγαλύτερο μέρος του νερού προέρχεται από τις καταβόθρες του Ψηλορείτη, απ’ όπου μέσω υπόγειων ποταμών (σπηλαίων) και σε μεγάλο βάθος καταλήγει προς την πηγή. Εκεί ένα μεγάλο ρήγμα, το ρήγμα Τυλίσου – Κρουσώνα που οριοθετεί τον Ψηλορείτη από την πεδιάδα του Ηρακλείου, παγιδεύει το νερό «αναγκάζοντάς» το να ανέβει στην επιφάνεια, αναμεμειγμένο ήδη με το θαλασσινό!
Η παροχή της πηγής κυμαίνεται από 3 έως 40 κυβικά μέτρα το δευτερόλεπτο, ανάλογα με την περίοδο του έτους. Στην πηγή έχει σχηματιστεί μια μικρή τεχνητή λίμνη, που διαμορφώθηκε το 1977 με σκοπό την ανύψωσή του νερού και τη μείωση της αλατότητας λόγω υδροστατικής πίεσης, εγχείρημα που απέτυχε. Εδώ λειτουργούσαν παλαιότερα νερόμυλοι για το άλεσμα των σιτηρών της περιοχής. Από εδώ ξεκινά το ποτάμι του Αλμυρού που καταλήγει σύντομα στη θάλασσα, αφού σχηματίσει έναν από τους σημαντικότερους υδροβιότοπους ολόκληρης της Κρήτης. Στον υγροβιότοπο του Αλμυρού μπορεί κανείς να συναντήσει πλήθος πουλιών, ανάλογα την εποχή, όπως και συστάδες του χαρακτηριστικού Κρητικού φοίνικα (Phoenix theophrasti) που απαντάται κυρίως στην Κρήτη. Λίγο πριν την έξοδο στη θάλασσα, έχει διαμορφωθεί μεγάλο αυλάκι που μεταφέρει περίπου το 1/3 των υδάτων στο τοπικό εργοστάσιο της ΔΕΗ, με σκοπό την ψύξη των μηχανών.