Ο ναός του Αγίου Αντωνίου μεσα στο Φαράγγι του Αλμυρού ήταν το καθολικό της μονής του Αγίου Ιωάννη του Φαραγγίτη που ήκμασε το χρονικό διάστημα 1350-1669, επί Ενετοκρατίας. Παρόλο που το μοναστήρι ήταν καλά κρυμμένο μέσα στο φαράγγι, όταν το 1669 ολόκληρη η Κρήτη υπήχθη στην κυριαρχία των Τούρκων, η μονή κατεστράφη ολοκληρωτικά.
Σήμερα έχουν απομείνει μόνο ερείπια του παλαιού μοναστηριακού συγκροτήματος. Ο κεντρικός ναός είναι δίκλιτος και σήμερα είναι αφιερωμένος στον Άγιο Αντώνιο και την Αγία Παρασκευή με σημαντικές αγιογραφίες. Δίπλα στο ναό του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται και το εκκλησάκι της Αγίας Μαρίνας, το οποίο ήταν ο κοιμητηριακός ναός του μοναστηριού. Οι τρεις αυτές εκκλησίες δίνουν στο φαράγγι ένα από τα εφτά ονόματά του, το Φαράγγι των Τριών Εκκλησιών.
Βαθύτερα μέσα στο Φαράγγι του Αλμυρού υπάρχει και ένα δεύτερο εικονοστάσι αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο, ενώ στην αρχή του φαραγγιού υπάρχει ο παλιός ναός του Χριστού.