Η Κρήτη, κάθε άνοιξη και φθινόπωρο, φιλοξενεί μεγάλο αριθμό αποδημητικών πουλιών στους πολυάριθμους εποχικούς υδροβιότοπους. Για τους φτερωτούς επισκέπτες της άνοιξης, έχουν τοποθετηθεί παρατηρητήρια για τη μελέτη τους και την παρατήρησή τους. Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες, με νερό όλο το χρόνο, συναντάει κανείς στον Τερσανά Χανίων, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου και σε πολλά άλλα σημεία. Σημεία παρατήρησης είναι επίσης οι τεχνητές λίμνες που βρίσκονται στην Αγιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Εκτός από τις λίμνες, υδροβιότοπους που φιλοξενούν μεγάλους πληθυσμούς παρυδάτιων πτηνών συναντάμε σε όλα τα μήκη και πλάτη του νησιού. Οι γνωστότεροι βρίσκονται στις εκβολές των ποταμών Αποσελέμη, Αναποδάρη, Αλμυρού Μαλεβιζίου, Μεγάλου Ποταμού του Πρέβελη, Αλμυρού Μιραμπέλου, Γεροποτάμου και του Αλμυρού της Γεωργιούπολης. Άλλες εξαιρετικά σημαντικές τοποθεσίες είναι οι αλυκές του Ξερόκαμπου, της νήσου Γαύδου, της Ελούντας και της Χρυσής και τα έλη των Μαλίων, της Φαλάσαρνας, κ.α..
Όμως και οι μόνιμοι κάτοικοι της Κρήτης, τα αρπακτικά πουλιά των φαραγγιών και των γκρεμνών αποτελούν πόλο έλξης στα διάφορα παρατηρητήρια που έχουν στηθεί σε πολλά μέρη, με τα σημεία που έχουν τοποθετηθεί ταΐστρες για τα όρνια (όπου τοποθετούνται μεγάλα νεκρά ζώα) να μαζεύουν αρκετά μεγάλο αριθμό πτηνών. Εκτός από τις ταΐστρες του Γιούχτα και του Ρούβα, παρατηρητήρια υπάρχουν στη Βισταγή, στη Γρελέσκα, στη Θρυπτή, στην Κερά, στον Κόφινα, στη Μηλιά, στον Ομαλό, στο Πρασσανό Φαράγγι κλπ.
