Το μεγαλύτερο ερημητήριο της Κρήτης, φυσικά απομονωμένο από τον υπόλοιπο πολιτισμό, ήταν τα δύσβατα Αστερούσια Όρη όπου λέγεται ότι έμεινε για δύο χρόνια ο Απόστολος Παύλος. Εκατοντάδες σπηλιές από τον Άγιο Νικήτα, τον Κουδουμά, τον Άγιο Αντώνιο, τον Άγιο Ιωάννη ως και το Ακρωτήριο Λίθινο, φιλοξένησαν τους φιλέρημους Χριστιανούς κάθε εποχής. Οι σχέσεις ανάμεσα στους ασκητές ήταν τόσο περιορισμένες, που στο Αγιοφάραγγο και το Μάρτσαλο μαζεύονταν μόνο μια φορά το χρόνο, στο Γουμενόσπηλιο, για να μετρηθούν και να δουν πόσοι επιζούν.
Ο Άγιος Νικήτας βρίσκεται 65km νότια του Ηρακλείου, στην ανατολική μεριά των άγριων και άνυδρων Αστερουσίων Όρεων. Το μοναστήρι αρχικά ήταν ερημητήριο μοναχών από τη Μονή Κουδουμά. Είναι κτισμένο πάνω σε ένα μεγάλο ύψωμα με απέραντη θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.
Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το Εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε στην τοποθεσία μιας παλαιότερης εκκλησίας του 1700, προς τιμή του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α' που επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992.
Ανάμεσα στις Στέρνες και τη Μονή Κουδουμά, πάνω στα άγρια Αστερούσια Όρη, συναντάμε τον εγκαταλελειμμένο οικισμό και την εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Η εκκλησία υπήρξε μετόχι της μονής Κουδουμά και ο οικισμός αναφέρεται από το 1577.
Η ερειπωμένη σήμερα μονή του Αγίου Δημητρίου ανήκει στην κοινότητα του Αχεντριά και παλαιότερα ήταν οικισμός. Από το Βυζαντινό μοναστήρι στέκει ακόμη ο ναός του Αγίου Δημητρίου με πολύ παλιές αγιογραφίες. Στο προαύλιο του ναού υπάρχουν τα ερείπια από τα κελιά των μοναχών.
Ο ναός της Παναγίας Γοργοεπήκοου βρίσκεται στην επικράτεια του χωριού Πηγαϊδάκια, κοντά στην αρχή του ρέματος που καταλήγει στην παραλία της Καραβόβρυσης στους Καλούς Λιμένες.
Λίγο πιο κάτω από την ιστορική Μονή Οδηγήτριας που βρίσκεται στην αγκαλιά των Αστερουσίων στο Νότιο Ηράκλειο συναντάμε το σπηλαιώδη ναό της Αγίας Κυριακής. Συγκεκριμένα βρίσκεται στην ανατολική πλαγιά του ρέματος Γιαλομονόχωρος λίγο πριν αυτό μπει στο φαράγγι των αγίων, το Αγιοφάραγγο στην περιοχή που ονομάζεται Κόκκινος Βόλακας.
Ένας μικρός οικισμός στον οποίο η ύπαρξη πηγών ευνόησε την ανάπτυξή του, ήταν ο οικισμός στου Γουλή το Μετόχι, κυρίως γνωστός στους βοσκούς κυρίως ως Βορινός Άγιος Νικήτας. Η κοινή ονομασία του οικισμού οφείλεται στο γραφικό ναό του Αγίου Νικήτα, ίσως καθολικό παλαιάς μονής.
Η πρώην μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται κοντά στους Παρανύμφους, σε σημείο όπου υπάρχει πηγή. Τριγύρω βλέπουμε ίχνη από αρχαίο ιερό, που συλήθηκε από αρχαιοκάπηλους.