Η επαρχία Μιραμπέλου φιλοξένησε μονύδρια με τη μεγαλύτερη πυκνότητα σε σχέση με οποιαδήποτε άλλη περιοχή της Κρήτης. Είναι χαρακτηριστικό ότι στο Άνω Μιραμπέλο, δηλαδή η ορεινή περιοχή βόρεια της Νεάπολης, αναπτύχθηκαν πάνω από 20 μικρές μονές. Σε αντίθεση με άλλες περιοχές της Κρήτης όπου αναπτύχθηκε ασκητισμός σε σπήλαια, εδώ συναντάμε κυρίως μικρές μονές όπου ζούσαν 2-3 μοναχοί. Μάλιστα πολλοί σημερινοί οικισμοί στο Άνω Μιραμπέλο αρχικά αναπτύχθηκαν γύρω από μοναστήρια. Σχεδόν όλες οι μονές σήμερα δεν λειτουργούν, αλλά οι ναοί τους διασώζονται.
Ναός Αγίου Γεωργίου Τραγοπιάστη 
Πάνω στην Εθνική Οδό που ενώνει τον Άγιο Νικόλαο με την Παχιά Άμμο, στο ύψος του Αλμυρού, συναντάμε ένα μικρό εκκλησάκι με πανοραμική θέα στη θάλασσα, τονΆγιο Γεώργιο τον Τραγοπιάστη. Παρόλο που δίνει την εντύπωση νέου ναού, χρονολογείται στην Ενετοκρατία και στο εσωτερικό του, κάτω από το στρώμα του ασβέστη, φέρει τοιχογραφίες.
Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει τοιχογραφίες του 13ου αιώνα με απεικονίσεις από το Ευαγγέλιο (Ανάσταση του Λαζάρου, Βαϊοφόρος και Νιπτήρ, Πλατυτέρα, διάφοροι ιεράρχες και Άγιοι).
Η Παναγία Βιγλιώτισσα είναι πρώην μοναστήρι κοντά στη Βουλισμένη, στη θέση Βιγλί. Το καθολικό της μονής ήταν αφιερωμένο στο Γενέσιο της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου). Ο ναός έχει αναστηλωθεί πλήρως και ο περιβάλλον χώρος έχει διαμορφωθεί σε ένα όμορφο παρκάκι και έχει τοποθετηθεί μνημείο για τη Μητέρα.
Ο μεγάλος κοιμητηριακός ναός της Νεάπολης είναι δίκλιτος ναός αφιερωμένος στο Σωτήρα Χριστό και στους Αγίους Πάντες. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση. Η ύπαρξη δεξαμενής υπονοεί ότι ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως μονή.
Η Μονή Φραρώ ή Αγίου Αντωνίου του Σιμέτι βρίσκεται 1km δυτικά της Νεάπολης. Είναι ένα ερειπωμένο φραγκισκανικό μοναστήρι που είναι αφιερωμένο στον Άγιο Αντώνιο. Η ονομασία του προέρχεται από τη λατινική λέξη Frari, όπως ονομάζονταν οι Φραγκισκανοί μοναχοί.
Η μονή του Αγίου Γεωργίου του Βραχασώτη βρίσκεται 1km νοτιοδυτικά του χωριού Βραχασίου, κοντά στη Νεάπολη. Η μονή συμμετείχε ενεργά στις επαναστατικές δράσεις κατά των Τούρκων, όταν και καταστράφηκε.
Η Μονή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρα ή του Αφέντη Χριστού βρίσκεται στην περιοχή Μετόχι του Νήσπιτα, λίγα χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της Νεάπολης. Η μονή έχει εγκαταλειφθεί από την Τουρκοκρατία και μόνο το καθολικό του ναού διασώζεται ως σήμερα. Τριγύρω υπάρχουν μερικά ερείπια από το παλιό μοναστηριακό συγκρότημα.
Το έρημο μοναστήρι του Τιμίου Προδρόμου (εορτ. 29 Αυγούστου) βρίσκεται στην περιοχή Σκουράς πάνω από την Ελούντα. Ο ναός είναι ανακαινισμένος μονόχωρος, καμαροσκέπαστος, μικρών διαστάσεων και δίπλα του υπάρχουν τα ερείπια από τα κελιά, δεξαμενή και ένα νεώτερο διώροφο κτίσμα του 19ου αιώνα με στάβλο στο ισόγειο. Η ίδρυση της μονής τοποθετείται πριν από το 1575, ενώ το 1617 έγινε μετόχι της μονής Αρετίου.
