Η παμπάλαια μονή των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης βρίσκεται στην είσοδο του χωριού Δωριές Νεάπολης, σε υψόμετρο 480m. Το μοναστήρι δεν κατοικείται πλέον, αλλά ο ναός του χρησιμοποιείται από την ενορία του χωριού.
Η Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στον Κέραμο Φουρνής είναι κτισμένη μέσα σε ένα όμορφο αλσύλλιο από κυπαρίσσια και πεύκα σε μια κατά τα άλλα ξηρή περιοχή. Σήμερα το μοναστήρι δεν κατοικείται και το μεγαλύτερο μέρος των κτισμάτων του έχουν ερημώσει. Το μοναστήρι ήταν μεγάλο και τα κτίρια του ήταν διώροφα και ψηλοτάβανα, ενώ περιτριγυριζόταν από οχυρωματικό τείχος.
Ο ναός της Παναγίας Κουμπελίνας, αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, αποτελεί το μοναδικό σωζόμενο ναό σταυροειδούς ρυθμού με τρούλο στην Ανατολική Κρήτη, παρόλο που αυτός ο ρυθμός δεν είναι σπάνιος στην υπόλοιπη Κρήτη.
Η Μονή του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται σε υψόμετρο 536m, βόρεια του χωριού Καρύδι Νεάπολης, πάνω σε μια απότομη βραχώδη πλαγιά. Το μικρό μοναστήρι σήμερα δεν κατοικείται, ενώ έχει ξεκινήσει ένα πρόγραμμα αναστήλωσης των ερειπωμένων κτισμάτων του.
Το μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου Σφουγγαρά βρίσκεται στον οικισμό Σέλλες, με το ναό του κτισμένο σε σπηλιά δίπλα στη θάλασσα. Δίπλα στο σπήλαιο του ναού υπάρχουν κι άλλες σπηλιές κτισμένες που πιθανώς χρησιμοποιήθηκαν ως κελιά. Στον πλακόστρωτο περίβολο υπάρχει μια σκεπαστή δεξαμενή. Η μονή αναφέρεται σε έγγραφα του 1611, ενώ απογράφηκε το 1635.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική της Ολούντος (του 5ου αιώνα) βρίσκεται στη θέση Πόρος και ανασκάφτηκε το 1937 και 1960. Πρόκειται για λαμπρό δείγμα θρησκευτικής αρχιτεκτονικής της εποχής της και μάλιστα θεωρείται ότι ήταν ο καθεδρικός ναός της αρχαίας Ολούντος, της βυθισμένης σήμερα αρχαίας πόλης της Ελούντας.
Η ακατοίκητη Μονή του Προφήτη Ηλία βρίσκεται δίπλα στη βίγλα της Βενετοκρατίας Γιαλού Κεφάλι, όπου υπάρχει ακόμη κτίσμα που οι ντόπιοι ονομάζουν πολεμίστρα. Ο ναΐσκος είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος, με την είσοδο και μια αντηρίδα στα νότια. Η δίρριχτη κλιμακωτή επικάλυψη του θόλου με πλάκες συνηθιζόταν σε ναούς του Μεραμπέλλου στα χρόνια της Βενετοκρατίας και πιθανότατα και της Οθωμανικής κυριαρχίας.
Η μονή της Αναλήψεως βρίσκεται στον Πόρο της Ελούντας, στο σημείο που υπήρχε η καταποντισμένη σήμερα Ολούς. Την ημέρα της Αναλήψεως στο ναό αναβιώνει ένα ιδιαίτερο έθιμο. Μετά τον αγιασμό των υδάτων, οι γυναίκες της Ελούντας μπαίνουν στη θάλασσα και μαζεύουν μάτσα από φύκια και πέτρες, τα οποία συμβολίζουν τη σταθερότητα της ζωής.