Κάτω από τον οικισμό Βρύσες Αμαρίου συναντάμε τον οικισμό φάντασμα του Σμιλέ, ο οποίος έχει εγκαταλειφθεί από τα μέσα του 20ου αιώνα. Ο οικισμός κατά την Τουρκοκρατία ήταν Τουρκοχώρι, αλλά παρόλα αυτά διατήρησε το Χριστιανικό ναό της Παναγίας, ο οποίος σώζεται έως και σήμερα σε τραγική κατάσταση.
Μέσα στους Κουνάβους υπάρχει ο τρίκλιτος βυζαντινός ναός αφιερωμένος στη Μεταμόρφωσης του Σωτήρα, στον Άγιο Νικόλαο και στον Άγιο Δημήτριο, που είναι και ο καθεδρικός ναός του χωριού. Ο ναός αυτός μοναδικός στο είδος του, καθώς έχει στο κέντρο ένα μεγάλο τρούλο και γύρω απ' αυτόν τέσσερις μικρότερους σε σχήμα σταυρού.
Στην περιοχή ήταν κτισμένο το μοναστήρι των Αγίων 318 Θεοφόρων Πατέρων της Α΄ Οικουμενικής Συνόδου (325 μ.Χ.). Η μονή σταμάτησε να λειτουργεί με την αύξηση της πειρατείας στις αρχές της Ενετοκρατίας, αλλά σήμερα έχει μείνει μόνο το εκκλησάκι να τη θυμίζει.
Η περιοχή του Αγίου Θωμά Μονοφατσίου μπορεί άνετα να χαρακτηριστεί ως ένα θρησκευτικό πάρκο, καθώς φιλοξένησε 38 εκκλησίες. Η εντυπωσιακότερη όλων στέκεται ακόμη και σήμερα στο κέντρο του χωριού. Είναι η βυζαντινή εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Θωμά.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην τοποθεσία Φινοκάλης υπήρξε καθολικό γυναικείου μοναστηριού του 14ου αιώνα που σήμερα δε λειτουργεί (έπαυσε τη λειτουργία του τη δεκαετία του 1980). Εντύπωση προκαλεί η κλίση των τοίχων του ναού, ο οποίος αν δεν είχε υποστυλωθεί θα είχε καταρρεύσει από την καθίζηση του εδάφους. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα.
Δίπλα στον Αξεδιανό Ποταμό και κοντά στα Πηρουνιανά συναντάμε τον Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου του Χωστού. Ο αρχικός ναός είχε τρούλο, ενώ στη συνέχεια επεκτάθηκε για να μεγαλώσει. Το τμήμα που έχει τον τρούλο φέρει τοιχογραφίες σε μέτρια κατάσταση.
Ο ερειπωμένος καθεδρικός ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στην Επισκοπή Μυλοποτάμου, είναι εγγεγραμμένη σταυροειδής με τρούλο και κατασκευάστηκε τον 13ο αιώνα πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 5ου αιώνα. Αποτέλεσε τον Καθεδρικό ναό και την έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας.