Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Παρθενώνος Κισάμου 
Η μονή Παρθενώνος είναι σύγχρονο γυναικείο μοναστήρι αφιερωμένο στη Ζωοδόχο Πηγή. Ιδρύθηκε το 1905 και ανακαινίστηκε το 1962. Εδώ λειτούργησε η Αστική Σχολή Θηλέων Κισσάμου και η πρώτη σχολή Κωφαλάλων στην Κρήτη.
Η μονή της Παναγίας της Χρυσοσκαλίτισσας βρίσκεται 72km νοτιοδυτικά των Χανίων, πολύ κοντά στην μαγευτική λιμνοθάλασσα του Ελαφονησίου. Είναι μοναστήρι με μορφή φρουρίου, σκαρφαλωμένο σε βράχο 35m με απεριόριστη θέα στη θάλασσα.
Το μοναστηριακό σύμπλεγμα που είναι μετόχι της μονής Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους έχει χαρακτηριστεί ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Αποτελείται από νεώτερα κεραμόστεγα νεοκλασικά κτίσματα που περιβάλλουν το ανακατασκευασμένο στο 19ο αιώνα μονόχωρο κεραμοσκέπαστο καθολικό.
Το Σιναΐτικο μετόχι της Αγίας Τριάδας βρίσκεται ανάμεσα στα Περιβόλια και στις Μουρνιές Κυδωνίας και είναι ένα από τα 4 ανεξάρτητα μετόχια της μονής Σινά στην Κρήτη. Η μονή της Αγίας Τριάδας ιδρύθηκε κατά τη Β Βυζαντινή Περίοδο (πριν το 1204) και είχε αγροτικό χαρακτήρα, όπως μαρτυρούν οι χώροι της μονής (ελαιοτριβείο, αποθήκες προϊόντων, κλπ).
Στην περιοχή της Αγίας Κυριακής, πάνω σε βραχώδη λόφο κάτω από τα ερείπια του βυζαντινού κάστρου "Κάστελλος", έχουν ανεγερθεί τα νέα μοναστικά κτίσματα της Χρυσοπηγής. Στόχος ήταν η δημιουργία ενός συνόλου, όπου ο δομημένος και ο αδόμητος χώρος βρίσκονται σε ισορροπία, έτσι ώστε να αναδεικνύεται το φυσικό περιβάλλον και η εναρμονισμένη σχέση του με τα κτίσματα.
Η μονή της Αγίας Κυριακής βρίσκεται σε απόσταση 12km νοτιοδυτικά των Χανίων, κοντά στο Βαρύπετρο. Ως το 1992, η μονή ήταν ένα σύνολο από χαλάσματα, αλλά έκτοτε αναστηλώθηκε και πλέον αποτελεί ένα πανέμορφο μοναστήρι της Κρήτης.
Η Μονή Χρυσοπηγής βρίσκεται 3km νότια της πόλης των Χανίων. Ο ναός της ανήκει στο αγιορείτικο τρίκογχο με τρούλο και είναι αφιερωμένος στην Παναγία τη Ζωοδόχο Πηγή (εορτ. Παρασκευή του Πάσχα). Χιλιάδες πιστών συρρέουν στη μονή για να προσκυνήσουν τη θαυματουργή εικόνα της Παναγιάς.
Η Μονή της Παναγίας Οδηγήτριας βρίσκεται στη βάση της χερσονήσου της Σπάθας, περίπου 26km δυτικά από τα Χανιά και 2.5km βόρεια από το Κολυμπάρι, δίπλα στην θάλασσα. Η μονή είναι γνωστή κι ως Μονή Κυρίας των Αγγέλων Γωνιάς λόγω της θέσης της στο δυτικό άκρο του κόλπου των Χανίων.
