Ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία είναι η Παναγία η Κερά που βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς, στη θέση που πιθανώς υπήρχε ναός της πόλης Τάρρα (1ος αιώνας μ.Χ.). Ο πρώτος ναός ήταν τρίκλιτη βασιλική και σήμερα αυτό που βλέπουμε είναι η Βυζαντινή εκκλησία που κτίστηκε στη θέση της παλαιότερης.
Η μονή του Αγίου Γεωργίου του Βραχασώτη βρίσκεται 1km νοτιοδυτικά του χωριού Βραχασίου, κοντά στη Νεάπολη. Η μονή συμμετείχε ενεργά στις επαναστατικές δράσεις κατά των Τούρκων, όταν και καταστράφηκε.
Σύμφωνα με την παράδοση εδώ ασκήτεψαν οι αδελφοί Ευτύχιος και Ευτυχιανός (πιθανόν κατά την Αραβική Κατοχή 827-961), που έδωσαν το όνομα τους στην περιοχή (στους Αγιούς). Η αδερφή τους Κασσιανή ασκήτεψε σε σπηλιά στο Κάβο Λίθινο.
Η παλαιοχριστιανική Βασιλική του Αγίου Νικολάου βρίσκεται ανατολικά της Χερσονήσου, εκεί που βρίσκεται σήμερα ο νεότερος ναός του Αγίου Νικολάου. Η βασιλική του 6ου αιώνα είχε πλάτος 50μ.x 19μ.. Ήταν διακοσμημένη με ψηφιδωτό δάπεδο το οποίο βρίσκεται σε καλύτερη ποιότητα από το δάπεδο της κοντινής βασιλικής στο Καστρί.
Ο ναός αποτελούσε τμήμα του μοναστηριού της Παναγίας της Κερά Λιμνιώτισσας που ήταν γυναικείο και μάλλον ιδρύθηκε στα πρώτα χρόνια της Ενετοκρατίας και έπαψε να υφίσταται με την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους όταν πάρα πολλά μοναστήρια λεηλατήθηκαν και καταστράφηκαν και οι μοναχοί/ές τους σκοτώθηκαν.
Πάνω στο δρόμο που πηγαίνει από την πόλη των Χανίων στα Κεραμιά και λίγο πριν το χωριό Μαλάξα συναντάμε το μικρό εκκλησάκι του Αγίου Ανδρέα. Ο Άγιος Ανδρέας υπήρξε πάντα ένα σημείο ορόσημο για την περιοχή λόγω της παρακείμενης πλούσιας σε νερό πηγής που ξεδιψούσε τους οδοιπόρους της περιοχής στο δρόμο τους προς τα χωριά των Κεραμιών.
Ο ναός της Παναγίας σώζει δυο στρώματα τοιχογραφικού διακόσμου. Το αρχαιότερο στρώμα εντοπίζεται στα δυτικά γωνιακά διαμερίσματα και χρονολογείται στον 11ο αιώνα. Στο βόρειο τοίχο αναπτύσσεται σε πυκνή παράταξη σειρά ολόσωμων αγίων και μαρτύρων με τους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη.