Ο Άγιος Θωμάς είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα ορεινά χωριά της Κρήτης. Αυτό το οφείλει κυρίως στο πέτρωμα της περιοχής που είναι εύκολα λαξεύσιμο. Εξαιρετικά δείγματα λαξευτής αρχιτεκτονικής μας ταξιδεύουν στα πανάρχαια χρόνια με μινωικά πατητήρια, ρωμαϊκούς τάφους και σπηλαιώδεις ναούς. Αυτά σε συνδυασμό με τους εντυπωσιακούς βράχους, τις φυσικές σπηλιές, τις Βυζαντινές Εκκλησίες και το καταπράσινο περιβάλλον συνθέτουν ένα σκηνικό μοναδικό στην Κρήτη.
Μέσα στο χωριό του Αγίου Θωμά και νότια της ομώνυμης εκκλησίας του Αγίου Θωμά σύντομο μονοπάτι ξεκινάει από την προτομή του τοπικού ήρωα Λόγιου (Δημήτριος Βαρούχας) και σε 2 λεπτά μας μεταφέρει σε ένα από τα πλέον εντυπωσιακά ταφικά μνημεία της Κρήτης στη θέση Γριά Μάντρα (Το όνομα Γριά Μάντρα είναι μετεξέλιξη του Ιερή Μάντρα και σημαίνει το μέρος που ήταν ιερό όπως και κάθε άλλη ταφική θέση στην Κρήτη).
Στη Γριά Μάντρα υπάρχουν πολυάριθμοι πανύψηλοι ογκόλιθοι και ένα μονοπάτι διέρχεται ανάμεσα τους. Σε πολλούς από αυτούς τους βράχους έχουν εντοπιστεί λαξευμένοι Ρωμαϊκοί τάφοι που βρίσκονται σε εξαιρετική κατάσταση και προκαλούν μεγάλο θαυμασμό στον επισκέπτη. Μάλιστα ένας βράχος έχει με τον καιρό γείρει και οι τρεις τάφοι του έχουν πάρει κλίση. Οι τάφοι στην ευρύτερη περιοχή του Αγίου Θωμά υπολογίζονται σε 30.
Νεκρικό Ιερό Κεράς Σπηλιώτισσας
Στο δρόμο για τον εγκαταλελειμμένο οικισμό Αρδάχθια συναντάμε στο δεξί μας χέρι έναν βράχο «ντυμένο» στον κισσό και το λαξευτό εκκλησάκι της Κερά Σπηλιώτισσας. Μέσα σε μια εσοχή που κάνει ο βράχος, 15 μέτρα μετά το εκκλησάκι, οι αρχαιολόγοι ανακάλυψαν μια Ελληνορωμαϊκή επιγραφή το 1910 που βλέπουμε και σήμερα.
Η επιγραφή αναφέρει καθαρά «ΘΕΑΙΣ ΔΗΜΗΤΡΙ ΚΑΙ ΚΟΡΗ ΛΑΡΚΙΑ ΑΡΤΕΜΙΣ ΕΚ ΤΩΝ ΙΔΙΩΝ», που επιβεβαιώνει ότι στο χώρο της εκκλησίας λειτούργησε ιερό αφιερωμένο στη Λαρκία Αρτέμιδα, στη Δήμητρα και την Κόρη, που ήταν θεότητες του Άδη. Οι κάτοικοι του Αγίου Θωμά αναφέρουν ότι μέσα στην εκκλησία υπήρχε ένα βάραθρο, η στοά του Άδη, το οποίο σήμερα έχει καλυφτεί με τσιμέντο.
Όλα αυτά συνηγορούν ότι στον Άγιο Θωμά υπήρξε λατρεία σε χθόνιες θεότητες, δηλαδή τις θεότητες του Άδη. Μάλιστα ακόμη και σήμερα οι κάτοικοι του χωριού, όταν πεθαίνει κάποιο αγαπημένο τους πρόσωπο, ρίχνουν τα ρούχα του σε ένα υπόγειο ποτάμι για να τα πάρει στον άλλο κόσμο!