Η Κρήτη έχει περιορισμένους υδάτινους πόρους, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και των καιρικών φαινομένων που επικρατούν. Για την επάρκεια του νησιού, κατασκευάζονται φράγματα και τεχνητές δεξαμενές, που σε σύντομο χρόνο μετατρέπονται σε σημαντικούς υδροβιότοπους, εμπλουτίζοντας τη βιοποικιλότητα του νησιού.
Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες με νερό όλο το χρόνο βρίσκονται στον Τερσανά Χανίων, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στην Ορνέ, στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, στο Στρούμπουλα, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη και σε πολλά άλλα σημεία. Τεχνητές λίμνες που μπορεί κάποιος να παρατηρήσει πουλιά βρίσκονται στην Αγυιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Λίμνη Έλους Κισάμου 
Στην είσοδο του χωριού Λίμνη της επαρχίας Κισάμου, κοντά στο Έλος, συναντάμε μια μικρή όμορφη λιμνούλα από την οποία παίρνει το όνομά του το χωριό.
