Η Κρήτη έχει περιορισμένους υδάτινους πόρους, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και των καιρικών φαινομένων που επικρατούν. Για την επάρκεια του νησιού, κατασκευάζονται φράγματα και τεχνητές δεξαμενές, που σε σύντομο χρόνο μετατρέπονται σε σημαντικούς υδροβιότοπους, εμπλουτίζοντας τη βιοποικιλότητα του νησιού.
Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες με νερό όλο το χρόνο βρίσκονται στον Τερσανά Χανίων, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στην Ορνέ, στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, στο Στρούμπουλα, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη και σε πολλά άλλα σημεία. Τεχνητές λίμνες που μπορεί κάποιος να παρατηρήσει πουλιά βρίσκονται στην Αγυιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Η λίμνη και το ποτάμι του Αλμυρού στην περιοχή της Γεωργιούπολης αποτελούν έναν από τους σπουδαιότερους υγροτόπους της δυτικής Κρήτης. Στη λίμνη συναντάμε αγριόπαπιες, νερόκοτες και πολλά άλλα υδρόβια πτηνά. Περιφερειακά της λίμνης δημιουργείται ένας φυσικός φράχτης από υδροχαρή φυτά, αγριοκαλαμιές και καλάμια, μυρτιές, πικροδάφνες και βάτα.
Ο άγνωστος αυτός υγρότοπος συγκεντρώνει τους χειμερινούς μήνες τα νερά των βροχών τα οποία σχηματίζουν μία λιμνούλα το μέγεθος της οποίας εξαρτάται από το ύψος των βροχοπτώσεων της κάθε χρονιάς. Το έντονα κόκκινο χρώμα του οροπεδίου που λασπώνει με τις βροχές συντελεί έτσι ώστε το χρώμα του νερού να είναι πάντοτε καφέ δίνοντας μία νότα εξωτική θυμίζοντας αφρικάνικο τοπίο.
Το φράγμα των Παρτίρων βρίσκεται 32 χλμ νότια της πόλης του Ηρακλείου και δυτικά του χωριού Πάρτιρα, σε υψόμετρο 300μ.. Η κατασκευή του ολοκληρώθηκε το 2000 και η χωρητικότητα του φτάνει τα 380.000 κυβικά μέτρα νερού. Το φράγμα μαζεύει τα νερά του ποταμού Πατσίδερου, ο οποίος είναι παραπόταμος του Αναποδάρη.
Τα Αρμανώγεια είναι ένας μικρό χωριό σε υψόμετρο 380μ. και 38 χλμ νότια από το Ηράκλειο. Δίπλα στο χωριό κατασκευάστηκε το 2004 ένα μικρό φράγμα, η λεκάνη του οποίου έχει έκταση 120 στρεμμάτων.
Το μικρό φράγμα του Καραβάδω βρίσκεται 1 χλμ νότια του χωριού Καραβάδω (ή Καραβάδος), κοντά στον δρόμο που οδηγεί από το Σκινιά στην Βιάννο. Τροφοδοτείται από έναν παραπόταμο του Μπαρίτη, οποίος ενώνεται αργότερα με τον Αναποδάρη ποταμό.
Το Παρακαλούρι, σήμερα γνωστό ως Άγιος Κωνσταντίνος, είναι ένας πολύ μικρός οικισμός της επαρχίας Μιραμπέλου. Εκτός από τον τοιχογραφημένο ναό του Αγίου Κωνσταντίνου, το χειμώνα ο επισκέπτης μπορεί να δει μια εποχική λίμνη 7 στρεμμάτων, το Λιβάδι, η οποία είναι περικυκλωμένη από ελαιώνες και φιλοξενεί πτηνά.
Στο δρόμο που οδηγεί από την Ελούντα στη χερσόνησο της Κολοκύθας, στο σημείο που πιστεύεται ότι βρισκόταν η αρχαία πόλη Ολούς, συναντάμε τις Ενετικές αλυκές που λειτούργησαν ως το 1972. Παρατηρούμε δεκάδες δεξαμενές χωρισμένες με τοίχους μέσα στη ρηχή θάλασσα, όπου εγκλωβιζόταν νερό από τη λιμνοθάλασσα της Ελούντας.
Η τεχνητή λίμνη του Σκινιά βρίσκεται 1 χλμ βόρεια του ομώνυμου χωριού, δίπλα στον ποταμό Μπαρίτη, από όπου τροφοδοτείται. Η λίμνη κατασκευάστηκε για την άρδευση των εκτάσεων της περιοχής.