Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Φαράγγι Σπηλιώτισσας Χουδετσίου 
Το φαράγγι της Σπηλιώτισσας βρίσκεται περίπου 24km νότια του Ηρακλείου. Είναι μια καταπράσινη ρεματιά που ξεκινάει από το χωριό Χουδέτσι, περνάει από τον Άγιο Βασίλειο και καταλήγει στον κάμπο των Πεζών.
Σε αυτήν αποβιβάστηκε ο Απόστολος Παύλος κατά τη μεταφορά του στη Ρώμη. Στο μέσο του υπάρχει η σπηλαιώδης εκκλησία της Παναγίας, που χρονολογείται απο τα πρώτα χριστιανικά χρόνια και πιστεύεται ότι λειτούργησε και ως κατακόμβη, όπου κατέφευγαν οι χριστιανοί για να γλιτώσουν από τους διωγμούς των εκάστοτε κατακτητών.
Μια ανάσα από τη πόλη του Ηρακλείου, στο Μάραθος, 25 χλμ δυτικά, υπάρχει το φαράγγι Σαντορινιός. Το φαράγγι δεν είναι μεγάλο αλλά λόγω του ότι δεν έχει αξιοποιηθεί ακόμα η πρόσβαση σε αυτό είναι αρκετά δύσκολη λόγω της πυκνής βλάστησης και των πολλών λιμνών που δημιουργεί το νερό.
Το φαράγγι του Τσούτσουρου βρίσκεται στον Τσούτσουρα και αποτελεί ένα από τα πολλά δύσβατα φαράγγια της περιοχής. Ξεκινάει στη περιοχή Σφακιάς και η έξοδος του βρίσκεται κοντά στο χωριό, κοντά στην περιοχή Λαρινάκι, και με την πρώτη ματιά προκαλεί δέος.
Το φαράγγι της Εμπασάς ή Αποτύπωσης ξεκινάει από την Κάτω Κερά και καταλήγει στις Γωνιές Πεδιάδας μετά από πορεία 2km. Αρχικά είναι πολύ απότομο και το χειμώνα σχηματίζονται πολλοί καταρράκτες με τον μεγαλύτερο να είναι περίπου 20m ύψος.
Δυτικά της Ρογδιάς Μαλεβιζίου ξεκινάει ένα μικρό φαράγγι που καταλήγει στο Παλιόκαστρο. Το χειμώνα, το εντυπωσιακότερο σημείο του είναι ο καταρράκτης της Ρέχτρας ύψους 10m, στον οποίο φτάνουμε ευκολότερα αν ανηφορίσουμε το φαράγγι από το Παλιόκαστρο.
Το Φαράγγι της Αγίας Αναστασίας ξεκινάει από το Καινούργιο Χωριό Πεδιάδος (υψόμετρο 160μ) και καταλήγει στις Γούρνες. Το όνομα του το παίρνει από τον σπηλαιώδη ναό της Αγίας Αναστασίας που βρίσκεται κοντά στην είσοδο του.
Το φαραγγούλι του Αγίου Χαραλάμπους είναι ένα μικρό, αλλά πανέμορφο φαράγγι που βρίσκεται νότια του χωριού Άνω Ασίτες. Παίρνει το όνομα του από το εκκλησάκι του Αγίου Χαραλάμπους που βρίσκεται στην αρχή του.
