Η επαρχία Μυλοποτάμου φιλοξένησε πολλά μικρά μοναστήρια. Τα δύσβατα παράλια φιλοξένησαν πολλά ασκητικά κέντρα, τα οποία αναγκάστηκαν να μεταφερθούν στην ενδοχώρα με την έλευση των διαφόρων πειρατών.
Μονή Αγίου Νεκταρίου στα Ανώγεια 
Η μονή του Αγίου Νεκταρίου στα Ανώγεια είναι γυναικεία σύγχρονη μονή κτισμένη σε μια όμορφη τοποθεσία με πανοραμική θέα στην γειτονιά Περαχώρι των Ανωγείων.
Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25km δυτικά του Ηρακλείου και 3km νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού.
Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται κοντά στο χωριό Αμνάτος, 23km ανατολικά του Ρεθύμνου. Είναι κτισμένη σε υψόμετρο 500m, πάνω σε ένα εύφορο υψίπεδο με ελαιώνες, αμπελώνες, πεύκα, κυπαρίσσια και πρίνους. Γύρω από το μοναστήρι υπάρχουν πολλά γραφικά εξωκλήσια.
Η μονή Αρσανίου βρίσκεται κοντά στο Παγκαλοχώρι, 11km ανατολικά του Ρεθύμνου, σε μια θέση με πανοραμική θέα στο Κρητικό Πέλαγος. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο και είναι μια σταυροειδής βασιλική με τρούλο. Στη μονή λειτουργεί μουσείο και συνεδριακό κέντρο.
Η Μονή Αττάλης ή Μπαλή βρίσκεται στις πλαγιές του λόφου της Αγίας Υπακοής, δυτικά του Μπαλίου, με πανοραμική θέα στη θάλασσα και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Ρεθύμνου - Ηρακλείου. Στην περιοχή, που μέχρι το 1970 που ανοίχτηκε ο εθνικός δρόμος ήταν απομονωμένη, άνθισε ο μοναχισμός και ο ασκητισμός.
Η Μονή Δισκουρίου βρίσκεται 43km ανατολικά του Ρεθύμνου και θεωρείται μια από τις παλαιότερες μονές της Κρήτης. Η παλαιότητα της αποδεικνύεται από την ύπαρξη του κοντινού κατάγραφου Βυζαντινού ναού του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Η μονή Σωτήρος Χριστού Χαλέπας ή Χαλεπά είναι κτισμένη σε ψηλό λόφο κοντά στα χωριά Τσαχιανά και Βενί, 46km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η θέα προς την κοιλάδα του Μυλοπόταμου από το σημείο αυτό είναι πανοραμική. Παρότι πριν από το 2000 το μοναστήρι ήταν ένα σύνολο από ερείπια, σήμερα έχει αναστηλωθεί σε μεγάλο μέρος.
Η μονή Τιμίου Σταυρού Βωσάκου βρίσκεται σε ένα μικρό οροπέδιο ανάμεσα στις κορυφές Κουτρούλης και Μεσοκόφινας των Ταλαίων Όρεων, 50km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η πρόσβαση στο μοναστήρι με αυτοκίνητο γίνεται μέσω του χωριού Δοξαρό και το τοπίο στη διαδρομή είναι μοναδικό. Δρόμος υπάρχει επίσης κι από τις Σίσες.
