Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25χλμ δυτικά του Ηρακλείου και 3χλμ νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Στις αρχές του 21ου αιώνα έγιναν εργασίες αναστήλωσης και αναμόρφωσης του περιβάλλοντος χώρου με όμορφους κήπους και μικρή φάρμα ζώων.
Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού με τοξωτό θύρωμα που φέρει εντοιχισμένο κλειδί τόξου με εγχάρακτη χρονολογία 1677. Δυστυχώς μεγάλο μέρος των κτιρίων που ήταν διατεταγμενα γύρω από το καθολικό κατεδαφίστηκε το 1972. Το καθολικό υψώνεται στο μέσο μικρής αυλής, στο ανατολικό τμήμα της οποίας διασώζονται μερικώς ερειπωμένα διώροφα κτήρια με το ηγουμενείο στο βορειότερο σημείο. Δίπλα στη μονή βρίσκεται κρήνη ύδρευσης, ένα θολοσκεπές ορθογώνιο κτίσμα του 1866 με ανάγλυφο φυτικό διάκοσμο και δυο λέοντες.
Το καθολικό έχει προκύψει μετά την επιμήκυνση αρχικού ναού με το κλίτος του Αγίου Παντελεήμονα και παράλληλα με την προσθήκη του βόρειου κλίτους του Αγίου Αντωνίου, το 1881 από το μοναχό Αντώνιο Πεδιώτη. Σήμερα, σε κοντινή απόσταση υπάρχει και ο νεότερος κοιμητηριακός ναός της Αγίας Αικατερίνης (25 Νοεμβρίου).
Η ακριβής ημερομηνία ιδρύσεως της μονής δεν είναι ακριβής. Μερικοί εικάζουν ότι μπορεί να τοποθετηθεί μετά το 1539, όταν οι μοναχοί της παραθαλάσσιας Μονής του Αγίου Αντωνίου στους Πέρα Γαλήνους δέχτηκαν επίθεση από πειρατές και αποσύρθηκαν στην ενδοχώρα. Ωστόσο, οι περισσότεροι πιστεύουν ότι υπήρχε ήδη η μονή του Αγίου Παντελεήμονα εδώ, αλλιώς θα είχε επικρατήσει η ονομασία του Αγίου Αντωνίου ως προστάτη της μονής.
Η μονή διαδραμάτισε σπουδαίο ρόλο στον αγώνα των Κρητικών κατά των Τούρκων κατακτητών. Την δράση της αυτή την πλήρωσε πολλές φορές με λεηλασίες και καταστροφές, αλλά δεν σταμάτησε η λειτουργία της. Έχει στην κατοχή της κάποιες πολύ σπουδαίες εικόνες, όπως η Παναγία Οδηγήτρια (14ος αιώνας), η Δευτέρα Παρουσία του Μιχαήλ Δαμασκηνού (17ος αιώνας), ο Άγιος Ονούρφιος και ο χορός των Αγίων Πάντων, κάποιες από τις οποίες εκτίθενται στο Βυζαντινό Μουσείο της Αγίας Αικατερίνης.
Χρονολόγιο
- 1537-9: Ο πειρατής Χαϊρεντίν Μπαρπαρόσα εξαπολύει συνεχείς επιθέσεις κατά των παραλίων της Κρήτης. Οι μοναχοί Μακάριος, Ιερεμίας και Κοσμάς της παραθαλάσσιας μονής Αγίου Αντωνίου στους Πέρα Γαλήνους αναγκάζονται να εγκαταλείψουν το μοναστήρι και να μεταφερθούν στην ήδη υπάρχουσα μονή του Αγίου Παντελεήμονα.
- 1660-70: Κατά μια άλλη εκδοχή, η μονή ιδρύεται αυτή τη δεκαετία.
- 1677: Μια μαρμάρινη επιγραφή αναφέρει αυτή την ημερομηνία, άρα σίγουρα υπήρχε τότε.
- 1821: Οι χώροι της Μονής χρησιμοποιούνται ως πρόχειρο νοσοκομείο.
- 1824: Οι Τουρκοαιγύπτιοι προκαλούν μεγάλες ζημιές στη μονή.
- 1861: Ο ηγούμενος Νεόφυοτος Πεδιώτη ξεκινάει την ανακαίνιση της μονής.
- 1866: Ο ηγούμενος Νεόφυτος Πεδιώτης παίρνει μέρος στην Επανάσταση του 1866-69. Η μονή μετατρέπεται σε αποθήκη εφοδίων και καταφύγιο για τους επαναστάτες.
- 1867: Οι άνδρες του Ρεσίτ Πασά πυρπολούν το μοναστήρι.
- 1972: Δυστυχώς, μεγάλο μέρος των κτιριακών εγκαταστάσεων κατεδαφίζεται προς χάριν του «εκσυγχρονισμού» της μονής, πλην δύο κτιρίων. Λέγεται ότι η μονή κατεδαφίστηκε λόγω υπόνοιας ότι κρυβόταν κάποιος θησαυρός στα θεμέλια της.
- 2004: Ξεκινούν συντονισμένες προσπάθειες αναστηλώσεως της ιστορικής μονής.
- 2006: Μεγάλος σεισμός προκαλεί μεγάλες ζημιές στα εναπομείναντα παλαιά κτίρια.