Η επαρχία Μυλοποτάμου φιλοξένησε πολλά μικρά μοναστήρια. Τα δύσβατα παράλια φιλοξένησαν πολλά ασκητικά κέντρα, τα οποία αναγκάστηκαν να μεταφερθούν στην ενδοχώρα με την έλευση των διαφόρων πειρατών.
Μονή Σωτήρος Χριστού και Αγίου Γεδεών στις Μαργαρίτες 
Η μονή βρίσκεται στο χωριό Μαργαρίτες, 30 χλμ νότια του Ρεθύμνου, και κτίστηκε στα τέλη του 15ου – αρχές 16ου αιώνα και ανήκει στη Μονή Καρακάλου του Αγίου Όρους.Ο κτήτορας της μονής, ανήκε στην ενετοκρητική οικογένεια των Δανδόλων.
Πλάτανος στα Κεραμωτά 
Ο πλάτανος σχηματίζει μια αρκετά ευρύχωρη κουφάλα στο εσωτερικό του κορμού του. Στην κουφάλα αυτή μέσα εδώ και ένα χρόνο ο ιδιοκτήτης της περιοχής Αντώνης Γερογιαννάκης σκέφτηκε να δημιουργήσει τον πρώτο ναό στην Κρήτη μέσα σε κορμό δέντρου. Έτσι μετέτρεψε την κουφάλα του δέντρου σε ναό της Παναγίας και της Αγίας Άννας, μητέρας της Παναγίας. Το δάπεδο πλακοστρώθηκε και τοποθετήθηκαν οι εικόνες ενώ φτιάχτηκε και μονοπάτι που φτάνει από το δρόμο μέχρι το δέντρο-εκκλησία.
Τίμιος Σταυρός στον Κουλούκωνα 
Ο Τίμιος Σταυρός ή Κουλούκωνας (1076μ) αποτελεί τη δεύτερη ψηλότερη κορυφή των Ταλαίων Ορέων μετά τον Κουτσοτρούλη (1084μ). Στην κορυφή είναι κτισμένος ο ναός του Τιμίου Σταυρού και η πρόσβαση γίνεται από τα Απλαδιανά μέσω χωματόδρομου αρχικά και στη συνέχεια από μονοπάτι.
Μονή Αγίου Αντωνίου στους Πέρα Γαλήνους 
Σε απόσταση 250m από τη θάλασσα θα δείτε το ερειπωμένο μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου, από το οποίο μόνο το εκκλησάκι σώζεται. Η μονή προφανώς εγκαταλείφθηκε λόγω των συχνών πειρατικών επιδρομών κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας.
Η έρημη σήμερα μονή της Κοίμησης της Θεοτόκου στον Αστυρακιά, βρίσκεται σε μια ειδυλλιακή τοποθεσία στην ανατολική πλευρά του Αρκαδιώτικου Φαραγγιού. Από το μικρό αυτό μοναστήρι σώζεται ο ναός και ίχνη από τα κελιά, ενώ εντύπωση προκαλούν οι αναβαθμίδες που χρησιμοποιούνταν για να κρατούν το χώμα και να καλλιεργούν.
Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής στην τοποθεσία Δρακόνερο λειτούργησε ως μοναστήρι κατά την Ενετοκρατία. Θεωρείται ο μεγαλύτερος σταυροειδής ναός της Κρήτης με τρούλο. Στο εσωτερικό του ναού υπάρχει ένα από τα ωραιότερα αρκοσόλια του 16ου αιώνα (ταφικό μνημείο) με οικόσημο των Τζαγγαρόλων. Επίσης σώζεται τμήμα των τοιχογραφιών (Ασπασμός Πέτρου και Παύλου, Παναγία σε θρόνο κλπ).
Ένα από τα πλέον ιδιαίτερα θρησκευτικά μνημεία, συναντάμε λίγο βόρεια του χωριού Δαμαβόλου στον Μυλοπόταμο. Είναι ο ναός των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, ο οποίος είναι κτισμένος με την ίδια αρχιτεκτονική που έκτιζαν τους θολωτούς τάφους και τα μιτάτα οι πρόγονοί μας. Ο ναός δεν είναι παλαιός, αλλά η ιδιαίτερη του αρχιτεκτονική είναι άξια αναφοράς.
Ακολουθώντας το χωματόδρομο που οδηγεί από τα Μουρτζανά Μυλοποτάμου στον εγκατελελλειμένο οικισμό των μυλωνάδων, τις Μούσες, περνάμε από τη Μονή του Δεσπότη Χριστού. Η μονή που βρίσκεται στο δυτικό πλευρό της κοιλάδας των Μουσών σώζει το καθολικό της που είναι κτισμένο στη βάση αιωνόβιου κυπαρισσιού. Ο ναός ανάγεται στην εποχή της Ενετοκρατίας και φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο. Το μοναστήρι του Σωτήρα Χριστού είναι έρημο από το 1864 και είχε λειτουργήσει ως μετόχι του Παναγίου Τάφου.
