Ο εντυπωσιακός ναός του Αρχαγγέλου Μιχαήλ (εορτάζει 8 Νοεμβρίου) στην κόψη του φαραγγιού της Αράδαινας είναι τετράστυλος σταυροειδής ναός με θόλο και χρονολογείται στον 14ο αιώνα, που κτίστηκε πάνω σε βασιλική του 5-6ου αιώνα που ανήκε στη πόλη Αραδήν.
Κάτω από την Ακρόπολη του Σμαρίου όπου πιστεύεται από κάποιους ότι υπήρξε η αρχαία Λύκτος, σε σημείο όπου υπάρχει πηγή νερού, λειτούργησε το μικρό μοναστήρι του Προφήτη Ηλία. Η θέα από το σημείο αυτό στον Σμαριανό κάμπο είναι μοναδική, ενώ εξαιρετικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι γεωλογικοί σχηματισμοί γύρω από το μοναστήρι. Το ιερό του ναού βρίσκεται στο σημείο όπου αναβλύζει η πηγή που προφανώς υδροδότησε παλαιότερα την αρχαία πόλη και έδωσε ζωή στις καλλιέργειες των κατοίκων σε αυτόν τον αφιλόξενο βραχώδη τόπο.
Ο ναός της Αγίας Παρασκευής αποτελεί μετόχι της μονής Ασωμάτων και είναι μικρός σταυροειδής ναός. Σώζεται αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) και μια μόνο τοιχογραφία του Χριστού που ευλογεί τους κτήτορες.
Την ημέρα της υψώσεως του Τιμίου Σταυρού στις 14 Σεπτεμβρίου γιορτάζει η Μονή Σταυρωμένου που βρίσκεται λίγο έξω από την Αυγενική Μαλεβυζίου Ηρακλείου και κοντά στον γραφικό οικισμό Βλαχιανά. Η έρημη σήμερα Μονή Σταυρωμένου είναι ένα από τα πολλά μοναστήρια που ιδρύθηκαν στην Κρήτη κατά την περίοδο της Ενετικής κυριαρχίας, εποχή που γνώρισαν και την μεγαλύτερη ακμή τους ενώ με την έλευση των Τούρκων η μονή σιγά σιγά ερημώθηκε και επήλθε η εγκατάλειψη. Αυτό που αντικρίζει ο σημερινός προσκυνητής είναι πολύ φτωχά ερείπια σε σχέση με τη λαμπρότητα που είχαν τα κτίρια της μονής πριν καταστραφούν. Λίγα μέτρα πιο νότια από το μικρό ναό του Εσταυρωμένου σώζεται ένα μικρό τμήμα από τον τοίχο των κελιών που είχε η μονή στο οποίο φαίνεται ακόμα ένα πραγματικά εντυπωσιακό στρογγυλό παράθυρο.
Το βαπτιστήριο του Αγίου Παύλου βρίσκεται στην είσοδο του χωριού του Αγίου Ιωάννη, κοντά στη Φαιστό. Σύμφωνα με την παράδοση, όταν ο Απόστολος Παύλος ήρθε στην Κρήτη και κατευθύνθηκε προς την τότε πρωτεύουσα του νησιού (Γόρτυνα) πέρασε από το σημείο όπου δίδαξε το λόγο του Ιησού για δύο ημέρες.
Η ερειπωμένη σήμερα μονή του Αγίου Δημητρίου ανήκει στην κοινότητα του Αχεντριά και παλαιότερα ήταν οικισμός. Από το Βυζαντινό μοναστήρι στέκει ακόμη ο ναός του Αγίου Δημητρίου με πολύ παλιές αγιογραφίες. Στο προαύλιο του ναού υπάρχουν τα ερείπια από τα κελιά των μοναχών.
Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής στην τοποθεσία Δρακόνερο λειτούργησε ως μοναστήρι κατά την Ενετοκρατία. Θεωρείται ο μεγαλύτερος σταυροειδής ναός της Κρήτης με τρούλο. Στο εσωτερικό του ναού υπάρχει ένα από τα ωραιότερα αρκοσόλια του 16ου αιώνα (ταφικό μνημείο) με οικόσημο των Τζαγγαρόλων. Επίσης σώζεται τμήμα των τοιχογραφιών (Ασπασμός Πέτρου και Παύλου, Παναγία σε θρόνο κλπ).
Η Αγία Σοφία Αρμένων είναι ένα παλιό εγκαταλελειμμένο μοναστήρι που βρίσκεται στο οροπέδιο των Αρμενοχαντράδων. Η μονή περιβάλλονταν από τείχος και στο κέντρο του περιβόλου ακόμη στέκεται ο ναός της Αγίας Σοφίας. Τριγύρω υπήρχαν τα ερείπια των κελιών αλλά και μερικά ανακαινισμένα κτίρια.