Ο οικισμός έχει μεγάλη ιστορία και αρκεί μια βόλτα μέσα στα άναρχα στενά του για να το αντιληφθεί κανείς. Το όνομα του το χωριό το παίρνει από τους 3 βυζαντινούς ναούς που υπήρχαν εδώ και χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα, τότε που τα απομονωμένα Αστερούσια όρη αποτέλεσαν ένα από τα σημαντικότερα ερημητήρια της Κρήτης.
Το μοναστήρι ήταν από τα ιστορικότερα και παλαιότερα στην Κρήτη, αλλά πλέον είναι ερειπωμένο και το μόνο που σώζεται είναι καθολικό που είναι αφιερωμένο στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Το καθολικό της Παναγίας είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός με πανέμορφο τέμπλο του 1869.
Ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Παρασκευής στη Σίβα είναι ένας μικρός μονόχωρος ναός με τρούλο. Εξαιρετικές είναι οι τοιχογραφίες που χρονολογούνται από τις αρχές του 14ου αιώνα, ενώ υπάρχουν τμήματα παλαιότερων περιόδων.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου είναι τρίκλιτη βασιλική με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος. Η ίδρυσή του χρονολογείται κατά το 13ο-14ο αιώνα και είναι ο μεγαλύτερος σε μέγεθος τοιχογραφημένος ναός των Αρχανών. Κατά την τελευταία ανακαίνιση (18ος-19ος αιώνας) η στέγη μπαζώθηκε με αποτέλεσμα να μειωθούν οι κλίσεις και να αλλοιωθεί η μορφή της.
Η παλαιοχριστιανική Βασιλική βρίσκεται στο λόφο Καστρί, πάνω από το λιμάνι της Χερσονήσου, και είναι μια από τις μεγαλύτερες στην Κρήτη (5ος αιώνας). Ήταν τρίκλιτη με εγγεγραμμένη αψίδα κατά τα Συριακά πρότυπα. Ακόμη και σήμερα βλέπουμε τμήματα των υπέροχων ψηφιδωτών δαπέδων.
Ο ευμεγέθης ναός της Αγίας Ζώνης βρίσκεται μέσα στο χωριό των Αγιών Παρασκιών και εορτάζει την ημέρα της Κατάθεσης της Τιμίας Ζώνης της Θεοτόκου (31 Αυγούστου) που είναι και η τελευταία ημέρα του Εκκλησιαστικού Έτους. Ο ναός χρονολογείται στον 11ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες που διακρίνονται με πολλή δυσκολία.
Εδώ βρίσκονται τα ερείπια της Παναγίας στο Καρυδάκι, η οποία λειτούργησε ως μικρό γυναικείο μοναστήρι. ‘Ηταν δίκλιτη εκκλησία με εγκάρσιο νάρθηκα. Από την πηγή που βρίσκεται δίπλα στη μονή αυτή υδρευόταν η κρήνη Μοροζίνι στον Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο).
Ο Ενετικός ναός του Αγίου Δημητρίου βρίσκεται κοντά στο Καστρί Βιάννου και ήταν το καθολικό της ομώνυμης μονής που λέγεται ότι κτίστηκε με γάλα (γαλακτόκτιστος). Σήμερα τα κελιά και τα άλλα κτίσματα της μονής είναι ερειπωμένα. Ο κατάγραφος ναός είναι μονόχωρος, καμαροσκέπαστος με εγκάρσιο νάρθηκα και με εισόδους στα νότια και στα δυτικά.