Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
-
Χανιά
-
Ρέθυμνο
-
Ηράκλειο
-
Λασίθι
- Τα Χανιά φιλοξενούν μερικά από τα ωραιότερα αριστουργήματα μοναστηριακής αρχιτεκτονικής στην Ελλάδα. Οι μονές της Αγίας Τριάδας και των Τζαγκαρόλων στο Ακρωτήρι, της Χρυσοσκαλίτισσας και της Γωνιάς Οδηγήτριας αποτελούν εξαίσια δείγματα, ενώ εξίσου εντυπωσιακές είναι η αναπαλαιωμένη μονή Αγίου Γεωργίου στο Καρύδι, η μονή Χρυσοπηγής, η μονή Καλογραιών στο Ακρωτήρι και το μετόχι της Αγίας Κυριακής. Σημαντικές πρώην μονές είναι του Καθολικού, Αγίου Αντωνίου και Παζινού στο Ακρωτήρι, του Αγίου Γεωργίου Χαρωδιά, του Αγίου Ελευθερίου στις Μουρνιές, τα παλιά μοναστήρια του Αγίου Ιωάννη, του Αγίου Παύλου και του Αγίου Γεωργίου στη Σπάθα, του Αζωγυρέ και πολλές άλλες.
- Η Μονή Αρκαδίου είναι η πιο γνωστή μονή στην Κρήτη, τόσο για την εξαιρετική της φρουριακή αρχιτεκτονική, όσο και για τη συμβολή της στον Αγώνα για την απελευθέρωση του νησιού από τους Οθωμανούς, μετά το ολοκαύτωμα του 1866. Σημαντικές όμως μονές υπάρχουν και σε άλλα σημεία του Ρεθύμνου, όπως του Πρέβελη, της Αγίας Ειρήνης, των Ρουστίκων, της Κατεβατής και του Αρσανίου. Εξέχουσα θέση στη μοναστική παράδοση του Ψηλορείτη ενέχει η επαρχία Μυλοποτάμου, που φιλοξενεί τα όμορφα μοναστήρια του Βωσάκου, της Χαλέπας, του Δισκουρίου και της Αττάλης. Εγκαταλελειμμένες μονές συναντάμε σε όλες τις περιοχές του Ρεθύμνου, με πιο γνωστές τις μονές Χαλεβή, του Αγίου Πέτρου στο Γάλλο, της Καλοείδενας στο Άνω Μέρος, του Αγίου Αντωνίου στο Βένι και τη Σχολή Ασωμάτων στο Αμάρι.
- Στο Ηράκλειο υπάρχουν μερικά από τα αρχαιότερα μοναστήρια της Κρήτης, όπως οι σπουδαίες μονές Αγκαράθου, Παλιανής στο Βενεράτο, Βροντησίου στα Βορίζια, Αγίου Γεωργίου Επανωσήφη, Γοργολαΐνη, Αγίου Παντελεήμονα στο Φόδελε, Οδηγήτριας στο Σίβα, Καλλέργη στο Καστέλι, Άρβης, Αγίας Πελαγίας στην Αχλάδα και Απεζανών στο Αντισκάρι. Η περιοχή δυτικά του Ηρακλείου αποτελεί ένα ζωντανό θρησκευτικό θύλακα, καθώς σε μικρή απόσταση λειτουργούν οι μονές Σαββατιανών, Ρογδιάς, Αγίας Φωτεινής, Παντάνασσας και Αγίων Θεοδώρων. Στους πρόποδες των Λασιθιώτικων βουνών, δεσπόζει η Παναγία η Καρδιώτισσα και η Γκουβερνιώτισσα, ενώ στον Ψηλορείτη βρίσκονται οι μονές της Αγίας Ειρήνης στον Κρουσώνα και των Αγίων Πάντων στο Λουτράκι. Η μονή Αγίας Μαρίνας στη Βόνη είναι το μεγαλύτερο προσκύνημα στην Κρήτη, ενώ ο επισκέπτης αξίζει να γνωρίσει και τις μονές Καλυβιανής, του Αγίου Ιωάννη Ανωπόλεως, Θεογεννήτορος και πολλές άλλες.
- Στο Λασίθι κυριαρχεί μια από τις πλουσιότερες μονές της Ελλάδας, η μονή Τοπλού κοντά στην αρχαία Ίτανο, που θυμίζει απόρθητο φρούριο. Άλλες μονές είναι η μονή Καψά, οι δύο μονές Φανερωμένης στα Γουρνιά και στη Σητεία, η Μονή Εξακουστής στις Μάλλες και οι μονές του Οροπεδίου Λασιθίου, Βιδιανή και Κρουσταλένια. Στην περιοχή του Μιραμπέλου υπήρχε ο μεγαλύτερος αριθμός μοναστηριών στην Κρήτη, γι ‘αυτό η επαρχία ονομάζεται από κάποιους και ως το Άγιον Όρος της Κρήτης. Από αυτά ακόμη λειτουργούν οι μονές Αρετίου στη Φουρνή, Κρεμαστών και Κουφής Πέτρας στη Νεάπολη και του Αγίου Γεωργίου Σεληνάρη. Στην Ιεράπετρα, μπορεί κανείς να προσκυνήσει στα νεότερα μοναστήρια του Άξιον Εστί και του Αγιασμένου.
Χάρτης
Μονή Σωτήρος Χριστού και Αγίου Γεδεών στις Μαργαρίτες 
Ναός Αγίου Ματθαίου Σιναϊτών 
