Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Φαράγγι Καβουσίου 
Το φαράγγι Καβουσίου βρίσκεται κοντά στον Κερατόκαμπο (Άνω Βιάννου, στο νότιο Ηράκλειο) στο όρος Δίκτη. Έχει συνολικό μήκος 1km και υψομετρική διαφορά εισόδου-εξόδου 170m.
Άγριο τεχνικό φαράγγι που βρίσκεται περίπου 10km νότια του Αχεντριά στα ανατολικά Αστερούσια Όρη. Το φαράγγι, όπως υποδεικνύει και το όνομά του, είναι απροσπέλαστο χωρίς τεχνικό εξοπλισμό. Στην έξοδό του σχηματίζει μια φανταστική παραλία που ονομάζουν Σκιαδάκι ή Πετριγιάρι.
Το φαράγγι της Απολύχνου βρίσκεται λίγα χιλιόμετρα βόρεια από τις Μοίρες, σε μια κατάφυτη από ελαιώνες περιοχή. Ουσιαστικά πρόκειται για μια μεγάλη ρεματιά με ποτάμι, η οποία σε μερικά σημεία βαθαίνει, ενώ η βλάστηση σε πολλά σημεία είναι πολύ πυκνή.
Το φαράγγι του Κρουσσώνα ή της Γαϊδουροράχης βρίσκεται 3km δυτικά του Κρουσσώνα Ηρακλείου και διασχίζει τον Ψηλορείτη. Ονομάζεται έτσι από το σχήμα του βουνού, που μακρυά θυμίζει καμπούρα γαιδάρου.
Άγριο κι επιβλητικό φαράγγι, γνωστό κι ως Γεροντζού, το οποίο ξεκινάει από την κοιλάδα της Περβόλας δίπλα στη Μουρνιά Αστερουσίων και καταλήγει στην πανέμορφη παραλία Καμινάκι. Υπάρχει μονοπάτι, λίγο απότομο, που ξεκινάει από την Περβόλα, αλλά μπορεί να περαστεί κι από την κοίτη του με αρκετή προσοχή.
Το φαράγγι του Βαλαχά βρίσκεται στα νότια του νομού Ηρακλείου και στην έξοδό του σχηματίζεται η πανέμορφη παραλία της Ελυγιάς. Η ψηλότερη κατάβαση έχει ύψος 50μ και απαιτούνται 4 ώρες για την διάσχισή του (μόνο με τεχνικό εξοπλισμό).
Το φαράγγι της Γούλας ξεκινάει νότια του οικισμού Καπετανιανά και καταλήγει στον Άγιο Ιωάννη. Όπως και τα άλλα δύο της περιοχής (Κούμος και Γεράκια) είναι απροσπέλαστο χωρίς εξοπλισμό canyoning.
Το φαράγγι του Μύντρη (ή Μίντρη) ξεκινάει κοντά στο χωριό Φίλιπποι της Μεσαράς και καταλήγει στο λιμάνι του Τσούτσουρα, αφού διανύσει απόσταση 6km. Είναι πολύ ανοικτό φαράγγι, χωρίς κάθετα τοιχώματα.
