Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται κοντά στο χωριό Αμνάτος, 23km ανατολικά του Ρεθύμνου. Είναι κτισμένη σε υψόμετρο 500m, πάνω σε ένα εύφορο υψίπεδο με ελαιώνες, αμπελώνες, πεύκα, κυπαρίσσια και πρίνους. Γύρω από το μοναστήρι υπάρχουν πολλά γραφικά εξωκλήσια.
Η μονή Σωτήρος Χριστού Χαλέπας ή Χαλεπά είναι κτισμένη σε ψηλό λόφο κοντά στα χωριά Τσαχιανά και Βενί, 46km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η θέα προς την κοιλάδα του Μυλοπόταμου από το σημείο αυτό είναι πανοραμική. Παρότι πριν από το 2000 το μοναστήρι ήταν ένα σύνολο από ερείπια, σήμερα έχει αναστηλωθεί σε μεγάλο μέρος.
Η Μονή Αττάλης ή Μπαλή βρίσκεται στις πλαγιές του λόφου της Αγίας Υπακοής, δυτικά του Μπαλίου, με πανοραμική θέα στη θάλασσα και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Ρεθύμνου - Ηρακλείου. Στην περιοχή, που μέχρι το 1970 που ανοίχτηκε ο εθνικός δρόμος ήταν απομονωμένη, άνθισε ο μοναχισμός και ο ασκητισμός.
Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25km δυτικά του Ηρακλείου και 3km νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού.
Η μονή Τιμίου Σταυρού Βωσάκου βρίσκεται σε ένα μικρό οροπέδιο ανάμεσα στις κορυφές Κουτρούλης και Μεσοκόφινας των Ταλαίων Όρεων, 50km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η πρόσβαση στο μοναστήρι με αυτοκίνητο γίνεται μέσω του χωριού Δοξαρό και το τοπίο στη διαδρομή είναι μοναδικό. Δρόμος υπάρχει επίσης κι από τις Σίσες.
Η μονή βρίσκεται στο χωριό Μαργαρίτες, 30 χλμ νότια του Ρεθύμνου, και κτίστηκε στα τέλη του 15ου – αρχές 16ου αιώνα και ανήκει στη Μονή Καρακάλου του Αγίου Όρους.Ο κτήτορας της μονής, ανήκε στην ενετοκρητική οικογένεια των Δανδόλων.
Στο μέσον περίπου της απόστασης Ηρακλείου Ρεθύμνου και λίγο πριν το Μπαλί, πάνω ακριβώς στην εθνική οδό συναντάμε το προσκύνημα της Παναγίας της Χαρακιανής. Η Παναγία η Χαρακιανή αποτελεί σήμερα το μεγαλύτερο προσκύνημα σε ολόκληρο το νομό Ρεθύμνου και πλήθος κόσμου συρρέει να τιμήσει την χάρη της όλο τον χρόνο.
Η μονή Αρσανίου βρίσκεται κοντά στο Παγκαλοχώρι, 11km ανατολικά του Ρεθύμνου, σε μια θέση με πανοραμική θέα στο Κρητικό Πέλαγος. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο και είναι μια σταυροειδής βασιλική με τρούλο. Στη μονή λειτουργεί μουσείο και συνεδριακό κέντρο.