Ο πλάτανος σχηματίζει μια αρκετά ευρύχωρη κουφάλα στο εσωτερικό του κορμού του. Στην κουφάλα αυτή μέσα εδώ και ένα χρόνο ο ιδιοκτήτης της περιοχής Αντώνης Γερογιαννάκης σκέφτηκε να δημιουργήσει τον πρώτο ναό στην Κρήτη μέσα σε κορμό δέντρου. Έτσι μετέτρεψε την κουφάλα του δέντρου σε ναό της Παναγίας και της Αγίας Άννας, μητέρας της Παναγίας. Το δάπεδο πλακοστρώθηκε και τοποθετήθηκαν οι εικόνες ενώ φτιάχτηκε και μονοπάτι που φτάνει από το δρόμο μέχρι το δέντρο-εκκλησία.
Το έρημο χωριό Αξέντι βρίσκεται σε τοποθεσία φυσικού κάλλους ανάμεσα σε γόνιμα χωράφια και δάση από δρυς ενώ η περιοχή έχει την ευλογία να έχει και αρκετές πηγές νερού. Ακόμα και σήμερα στην εκκλησία του χωριού το Άγιο Πνεύμα υπάρχει εικόνα του Αγίου Αυξεντίου να θυμίζει το παλιό όνομα της περιοχής.
Στην αρχή του φαραγγιού του Μάρτσαλου θα συναντήσετε την υπέροχη Εκκλησία της Παναγιάς της Μαρτσαλιανής, αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Η Εκκλησία, που είναι κτισμένη μέσα στον βράχο, χρησιμοποιήθηκε ως κατακόμβη κατά την διάρκεια των χριστιανικών διωγμών.
Δυτικά από τη Μονή Κουδουμά, βρίσκεται το Αββακόσπηλιο, ένας σπηλαιώδης ναός στον οποίο ασκήτευε κατά τον 7ο αι. ο Όσιος Κοσμάς και θάφτηκε το σκήνωμα του, σύμφωνα με την παράδοση.
Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το Εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε στην τοποθεσία μιας παλαιότερης εκκλησίας του 1700, προς τιμή του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α' που επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992.
Στην ανατολική μεριά του φαραγγιού του Ρούβα, ψηλά πάνω από το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου, συναντάμε την τοποθεσία Καλύβες, όπου ασκήτευσαν τον 17ο αιώνα (περίπου το 1670) οι Όσιοι Ευθύμιος και ο Νικόλαος ο Κουρταλιώτης, που για κάποιους είναι το ίδιο πρόσωπο. Στο εσωτερικό του σπηλαιώδη ναού υπάρχουν μερικές τοιχογραφίες.
Ο Άγιος Γεώργιος στην πανέμορφη τοποθεσία Τουπάκι με τα δεκάδες πεύκα, κοντά στην Επισκοπή Πεδιάδος, υπήρξε καθολικό μικρού μοναστηριού που από τον 16ο αιώνα ήταν μετόχι της μονής Αγκαράθου.
Στην κορυφή του ενός από τους δύο λόφους, γνωστούς ως Δύο Αοράκια, δεσπόζει ο ναός των Αγίων Πάντων, ο οποίος ανήκει στην ενορία Καλλιθέας. Παρόλο που φαίνεται ως νεότερος, ο ναός ανήκει στην Ενετική Εποχή και φέρει ελάχιστα ίχνη τοιχογραφιών.