Κοντά στο δυτικό άκρο της Χρυσής βρίσκεται ο μικρός φάρος του νησιού που ηλεκτροδοτείται από φωτοβολταϊκό πάνελ. Κοντά βρίσκεται το εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου αλλά και η αλυκή της Χρυσής, όπου συγκεντρώνονται δεκάδες πουλιά το χειμώνα.
Στις αμμοθίνες του κεντρικού στενότερου σημείου της νήσου Χρυσής συναντάμε ένα από τα σπουδαιότερα δάση παράλιας αρκεύθου ή θαλασσόκεδρου (Junίperus macrocarpa) στην Ελλάδα, το οποίο έχει επικρατήσει (λανθασμένα) με το όνομα κεδρόδασος. Σε άλλα σημεία του νησιού, όπως δυτικά και ανατολικά συναντάμε και βλάστηση με κύριο φυτό το θαμνοκυπάρισσο (Junίperus phoenicea).
Στη Χρυσέα των αρχαίων, τη σημερινή νήσο Χρυσή ή Γαϊδουρονήσι, έχει εντοπιστεί σημαντικός οικισμός της Μινωικής και Ρωμαϊκής περιόδου με κτίσματα και τουλάχιστον τρεις λαξευτούς τάφους κοντά στον ναό του Αγίου Νικολάου και στο φάρο του νησιού. Ο οικισμός χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή της πορφύρας από τα κοχύλια Murex brandaris, όπως και στο γειτονικό Κουφονήσι.
Στο Νοτιοανατολικό άκρο του Κουφονησίου, ανάμεσα στην παραλία της Χιλιαδερφιάς και το Διακόφτι (δηλαδή τη στενή βάση του Τράχηλα) συναντάμε την περιοχή Χάλασμα, που παίρνει το όνομά της από την έντονη γεωλογική ανομοιμορφία που παρατηρούμε.
Περίπου 500μ δυτικά από το λιμάνι που δένουν τα καραβάκια της νήσου Χρυσής βρίσκεται η παραλία Βλυχάδια. Η παραλία έχει μαύρο και κόκκινο χαλικάκι, ενώ ο βυθός είναι βραχώδης. Η τριγύρω βλάστηση είναι χαμηλή και δεν υπάρχει φυσική σκιά. Στο πλάι της παραλίας υπάρχει εικονοστάσι. Είναι μια καλή επιλογή για όσους θέλουν να απομονωθούν στη νότια μεριά του νησιού, ειδικά τις ημέρες που η βόρεια έχει κύμα.
Στο ανατολικότερο σημείο της νήσου Χρυσής και στη νότια πλευρά του νησιού σχηματίζεται η μεγάλη παραλία Βάγκες. Οι Βάγκες έχουν γενικά βραχώδη βυθό, εκτός από το ανατολικό άκρο όπου υπάρχει άμμος. Στο σημείο αυτό πολλές φορές αγκυροβολούν φουσκωτά σκάφη καθώς είναι απάνεμο και ιδανικό για απομόνωση.
Η μεγαλύτερη παραλία της νήσου Χρυσής είναι ο Χατζηβόλακας που εκτείνεται δυτικά της κεντρικής παραλίας της Μπελεγρίνας. Η παραλία έχει κυρίως βραχώδη βυθό και είναι ιδανική για απομόνωση καθώς οι περισσότεροι επισκέπτες του νησιού περιορίζονται στην Μπελεγρίνα.
Δίπλα στο μοναδικό σπίτι στο Γαϊδουρονήσι Ιεράπετρας στην τοποθεσία Σπήλιος συναντάμε την παλιά αλυκή όπου παρήγαγαν αλάτι κατά την αρχαιότητα. Το χειμώνα το σημείο μετατρέπεται σε μια μικρή λίμνη με υφάλμυρο νερό και αποτελεί πόλο έλξης κυρίως για αποδημητικά πτηνά.