Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Φαράγγι Κούμος 
Το Φαράγγι του Κούμου βρίσκεται στην περιοχή των Καπετανιανών και καταλήγει κοντά στον Άγιο Ιωάννη, σε μια περιοχή γεμάτη πεύκα. Είναι άγνωστο φαράγγι και η διάσχισή του απαιτεί τεχνικό εξοπλισμό. Είναι γενικά ξερό αλλά μετά από έντονες βροχοπτώσεις δημιουργούνται καταρράκτες.
Δίπλα και παράλληλα στον σύγχρονο αυτοκινητόδρομο που συνδέει το Ηράκλειο με τη Μεσαρά, ανάμεσα στα χωριά Αυγενική και Πρινιάς, σχηματίζεται το πολύ όμορφο φαράγγι του Πρινιά. Η κατάβαση του φαραγγιού απαιτεί τη χρήση σκοινιών, καθώς δημιουργεί απότομες καταβάσεις. Παρόλα αυτά μπορείτε να θαυμάσετε μέρος του περπατώντας ανάποδα από την έξοδό του στην περιοχή Γιάννουλες.
Το Πετριγιάρι είναι ένα μικρό και άγριο φαράγγι που σχηματίζεται παράλληλα και ανατολικά με το άγριο φαράγγι του Κακοπέρατου, στα νότια παράλια της κεντρικής Κρήτης στα Αστερούσια Όρη. Το φαράγγι είναι προσβάσιμο μόνο με τεχνικό εξοπλισμό (canyoning) με το μέγιστο ραπέλ να είναι περίπου 15m. Το φαράγγι καταλήγει σε ένα καταπληκτικό μικροσκοπικό παραλιάκι με σπηλιές και κρυστάλλινα καταγάλανα νερά.
Στη νοτιοανατολική πλευρά του όρους Σανίδα, κοντά στο χωριό Σκούρβουλα, σχηματίζεται το μικρό και πολύ άγριο τεχνικό φαράγγι του Ριζόπετρου. Το φαράγγι τερματίζει κοντά στο φράγμα της Φανερωμένης, στο οποίο καταλήγει και το νερό του, μετά από μια πολύ εντυπωσιακή κατάβαση συνολικού ύψους 60μ.
Ληθαίος Ποταμός 
Ο Ληθαίος Ποταμός συγκεντρώνει τα νερά από την λεκάνη της Γέργερης και του Πανασού στις νοτιοανατολικές ρίζες του Ψηλορείτη. Συνεχίζει την πορεία του ως ανοιχτός ποταμός από τα Απομαρμά, κατά τη διάρκεια της οποίας πολλά κάθετα ρυάκια χύνονται στην κοίτη του.
Το φαράγγι του Παστρικού είναι μικρό φαράγγι που σχηματίζεται στη βόρεια πλευρά των Αστερουσίων, στην ευρύτερη περιοχή του χωριού Παναγιά. Είναι τεχνικό, δηλαδή για τη διάσχισή του απαιτείται ειδικός εξοπλισμός canyoning. Ξεκινάει από μικρό οροπέδιο, όπου βρίσκεται ναός αφιερωμένος στον Άγιο Κύριλλο, και τερματίζει στην περιοχή της Γαλατερης.
Τεχνικό φαράγγι των Αστερουσίων στην περιοχή του Αγίου Ιωάννη Καπετανιανών με νότιο προσανατολισμό. Αποτελεί ένα από τα πολλά παράλληλα τεχνικά φαράγγια της περιοχής (Φλομιάς, Σαλαμιανό, Γερακιά, Κούμος, Γούλα, Ελυγιά) και διέρχεται μέσα από πευκοδάσος.
Το άγριο φαράγγι της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται στα Αστερούσια Όρη και στα όρια της κοινότητας των Παρανύμφων. Θεωρείται το μικρό αδερφάκι του επιβλητικού και πιο γνωστού φαραγγιού του Αμπά, καθώς και τα δύο μαζί έχουν τους δύο ψηλότερους καταρράκτες του Ηρακλείου.
