Ο ναός του Αγίου Γεωργίου Κουμπελή βρίσκεται στην τοποθεσία Σόδι ανατολικά των Χανίων και στη δυτική βάση του Ακρωτηρίου Χανίων, πολύ κοντά στις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού.
Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Νικολάου και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο χωριό Ελένες. Το κλίτος του Αγίου Νικολάου φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται στον 13ο αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή με χρονολογία του 1609. Το κλίτος της Αγίας Άννας φέρει σύγχρονες τοιχογραφίες.
Ο μεγάλος κοιμητηριακός ναός της Νεάπολης είναι δίκλιτος ναός αφιερωμένος στο Σωτήρα Χριστό και στους Αγίους Πάντες. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση. Η ύπαρξη δεξαμενής υπονοεί ότι ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως μονή.
Στο μέσο του δρόμου που ενώνει την Καλλιθέα με την Κνωσό, συναντάμε το έρημο μικρό οικισμό του Σελλόπουλου στις όχθες του ποταμού Καίρατου, γνωστό στους αρχαιολόγους από τον θολωτό τάφο που έχει εντοπιστεί εδώ. Κάτω και δίπλα από τον δρόμο είναι κτισμένη η λιτή και μονόχωρη εκκλησία της Αγίας Παρασκευής, η οποία φέρει κατεστραμμένες τοιχογραφίες που χρονολογούνται από την εποχή της Ενετοκρατίας.
Ο ναός των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου βρίσκεται στη συνοικία Αμπομπάντενα ή Αομπάδενα του Αγίου Μύρωνα και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που φέρει τοιχογραφίες με έντονο νεκρικό χαρακτήρα. Είναι η μοναδική εκκλησία στην οποία οι τοιχογραφίες έχουν εκτελεστεί σε πανί (καναβάτσο), που έχει επικολληθεί στην τοιχοποιία του ναού.
Πρόκειται για το σημερινό κοιμητηριακό ναό του Αβδού. Ο ναός που χρονολογείται στον 14-15ο αιώνα φέρει τοιχογραφίες των αδερφών Εμμανουήλ και Ιωάννη Φωκά. Στο χώρο του Ιερού, στην κόγχη διακρίνεται η παράσταση των «Συλλειτουργούντων Ιεραρχών», σε ψηλότερη ζώνη η «Κοινωνία των Αποστόλων» και στο τεταρτοσφαίριο το «Τρίμορφο» ενώ στον ανατολικό τοίχο η παράσταση του Ευαγγελισμού.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Τα χρόνια της Ενετοκρατίας αποτελούσε καθολικό μοναστηριού, ενδιαιτήματα του οποίου σώζονται περιμετρικά του. Το καλύτερα σωζόμενο είναι το επίμηκες διώροφο κτίριο στα δυτικά του. Διατηρείται σε καλή κατάσταση το καμαροσκεπές ισόγειο, ενώ αντίθετα ο όροφος του είναι ημιερειπωμένος.