Ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από το χωριό Γέννα Αμαρίου. Φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση, ενώ το τέμπλο είναι πέτρινο. Η πρόσβαση γίνεται μέσω βατού τσιμεντόδρομου.
Η Παναγία η Σκαφιδιανή βρίσκεται στην τοποθεσία Σκαφιδάκια ή Σκαφίδια κι έχει πολύ όμορφη θέα στην τριγύρω περιοχή. Είναι μικρός μονόχωρος ναός με δύο αψιδώματα σε κάθε πλευρά, που στο εσωτερικό φέρει τοιχογραφίες του 1347 από τον Ιωακείμ, ο οποίος ανήκε στο εργαστήριο του ονομαστού αγιογράφου της Ανατολικής Κρήτης Ιωάννη Παγωμένου.
Περίπου 300μ. έξω από τη μονή βρίσκεται η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας με παλιές τοιχογραφίες. Η εκκλησία φέρει το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη, μιας από τις σπουδαιότερες οικογένειες της Ενετικής περιόδου, γεγονός που υποδηλώνει ότι η περιοχή ήταν δικό της φέουδο.
Στον εγκαταλελειμμένο σήμερα οικισμό του Φραθιά ή άλλοτε Μέσα Φραθιά, κοντά στη μονή Ξερών Ξύλων, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Ιωάννη, που για κάποτε αποτέλεσε καθολικό ενός μικρού μοναστηριού.
Ο ναός της Παναγίας στα Ζαχαριανά είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και χρονολογείται από τον 10ο-11ο αιώνα. Έχει πολύ ιδιαίτερη αρχιτεκτονική, με σχήμα ελεύθερου σταυρού με τρούλο. Η συναρμογή του τρούλου με το τύμπανο γίνεται με γωνιακές κόγχες, στοιχείο που αποτελεί σπάνια περίπτωση και ο ναός ανήκει σε ένα από τα τέσσερα παραδείγματα που υπάρχουν στην Κρήτη.
Το εκκλησάκι του Μιχαήλ Αρχαγγέλου είναι πολύ λιτό εξωτερικά όπως και όλα σχεδόν τα εκκλησάκια της Δυτικής Κρήτης και στερείται τεχνοτροπιών εκτός του εντυπωσιακού τριπλού σημαιοστάτη δίπλα στην πόρτα. Το σκηνικό όμως στο εσωτερικό του ναού αλλάζει δραματικά και μόλις μπει κάποιος μέσα εντυπωσιάζεται αμέσως από τις πλούσιες αγιογραφίες.
Ο δίκλιτος ναός των Αγίων Αποστόλων και Πέτρου και Παύλου βρίσκεται στους πρόποδες του λόφου των Θόλων, με το ομώνυμο φρούριο, και ανήκε στην οικογένεια των Κορνάρων. Κτίστηκε το 15-16ο αιώνα και εδώ υπάρχουν δύο αρκοσόλια (ταφικά μνημεία) μέσα κι έξω από το ναό (με την επιγραφή 1614).