Κοντά στον οικισμό του Φραθιά και στην τοποθεσία Οντάδες ή Έξω Φραθιάς βρίσκεται ναός αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη. Το σύνολο κτιρίων γύρω του προδίδει ότι ήταν μοναστήρι. Ο σημερινός ναός οικοδομήθηκε τη δεκαετία του 1990 πάνω στον σωριασμένο παλαιότερο ναό και αφιερώθηκε στον Άγιο Ιωάννη.
Στο κοιμητήριο του χωριού Σπανιάκος υπάρχει ο σταυρεπίστεγος ναός του Αγίου Γεωργίου. Δυστυχώς σήμερα ο ναός έχει δεχθεί ατυχείς παρεμβάσεις στο εξωτερικό του και δε θυμίζει τον γραφικό ναό του 14ου αιώνα.
Στο Καστέλλι Πεδιάδος υπάρχει ο παλιός ναός του Χριστού, ο οποίος σώζει ίχνη τοιχογραφιών μεγάλης καλλιτεχνικής αξίας του 14ου αιώνα. Στις τοιχογραφίες διακρίνονται σκηνές της Πεντηκοστής, της Ετοιμασίας του Θρόνου, διάφοροι Άγιοι, η Δέηση, ο Άγιος Γεώργιος και ο Αρχάγγελος Μιχαήλ με στρατιωτική ενδυμασία και ξίφος, ως προστάτης του ναού.
Ο δίκλιτος ημισπηλαιώδης ναός του Αγίου Χαραλάμπου και του Αγίου Νικολάου βρίσκεται μέσα στον οικισμό Σκοτεινό και έχει ανεμπόδιστη θέα στη θάλασσα των Γουβών. Εσωτερικά, λόγω του λαξεύματος, έχει ακανόνιστο σχήμα και τα δύο κλίτη ενώνονται μεταξύ τους με μεγάλη καμάρα.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.
Ο ναός της Παναγίας στις Σαϊτούρες είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου και είναι κτισμένος στην είσοδο του σημερινού χωριού. Φέρει τοιχογραφίες του 13ου-14ου αιώνα, ανάμεσα στις οποίες ξεχωρίζουν αναπαραστάσεις με κολασμένους. Η εικονογράφηση πρέπει να έγινε από ντόπιο καλλιτέχνη, όπως δείχνει ο επαρχιακός τύπος τοιχογραφιών.
Ο δίκλιτος ναός του Αφέντη Χριστού και του Αγίου Χαραλάμπους βρίσκεται στη συνοικία της Κάτω Μεράς, στο λιμάνι της Ιεράπετρας και πολύ κοντά στο φρούριο Καλές. Είναι ο αρχαιότερος ναός της πόλης, ο οποίος έχει διαμορφωθεί στη σημερινή του μορφή ως αποτέλεσμα διαδοχικών επεμβάσεων.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στα αρχαία λουτρά της αρχαίας Μήθυμνας. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με το ιερό προς το νότο και κτίστηκε τον 9ο αιώνα στη θέση Ρωμαϊκού ναού, πιθανόν της Αρτέμιδος. Αρχικά αναφέρεται ως αφιερωμένος στον Άγιο Στέφανο και στην συνέχεια στον Άγιο Γεώργιο.