Ο λιτός ναός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή βρίσκεται στο όμορφο μικρό οροπέδιο της Αλόιδας, στην περιφέρεια του χωριού Μέσα Λασίθι, σε υψόμετρο 1140μ στην οροσειρά της Δίκτης. Στο σημείο αυτό, που βρίσκεται δίπλα σε πηγή με τρεχούμενο νερό, έβρισκαν καταφύγιο ο Καπετάν Καζάνης από το Μαρμακέτο και οι άνδρες του μετά το 1821, από όπου εξορμούσαν κατά των Οθωμανών.
Κοντά στο Δημοτικό Σχολείο του χωριού Σκουλούφια υπάρχει ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας, του οποίου η στέγη έχει καταρρεύσει. Ο ναός που χρονολογείται από το 1410 δε φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο, αλλά σώζεται ακόμη ένα πολύ όμορφο γλυπτό παράθυρο.
Το χωριό Αβδού παίρνει το όνομά του από τον Προφήτη Αβδιού. Στην τοποθεσία Λινές έχει αναστηλωθεί κατεστραμμένος ναός που πιστεύεται ότι ανήκε στον προφήτη Αβδιού και έχει λάβει το όνομά του. Ο ναός εορτάζει στις 19 Νοεμβρίου.
Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Αντωνίου στο Μύρτος Ιεράπετρας είναι αφιερωμένος στον Άγιο Αντώνιο και την Ανάληψη του Ιησού. Πιστεύεται ότι κτίστηκε πριν τον 13ο αιώνα, ενώ αναφέρεται σε χάρτη του 15ου αιώνα. Ο ναός καταστράφηκε κατά την Ενετοκρατία και αναστηλώθηκε το 1853. Κατά τη διάρκεια εργασιών στα μέσα του 20ου αιώνα εντοπίστηκαν τμήματα μαρμάρινων κιόνων και αγαλμάτων.
Σε μικρή απόσταση από το σημείο που υπήρχε κάποτε ο ιστορικός Πύργος των Da Molin στον Αλικιανό, συναντάμε το σταυροειδή Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου. Ο ναός χρονολογείται στον 14ο-15ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες του Παύλου Προβατά (1430).
Στην περιοχή Κατω Πρίνα ανάμεσα στα χωριά Πρίνα και Μεσελέροι Λασιθίου βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου, ο επονομαζόμενος και Κρυφό Σκολειό. Ο βυζαντινός ναός του Αγίου Γεωργίου είναι πολύ καλά κρυμμένος σε μια πλαγιά ανάμεσα σε πολύ πυκνή βλάστηση από θάμνους, δέντρα και καλλιέργειες.
Η ευρύτερη περιοχή του Βοριτσίου Πεδιάδος υπήρξε καταφύγιο ασκητών κυρίως κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας. Ένα από τα πιο σημαντικά μοναστήρια ήταν του Αγίου Γεωργίου Καβού, που ήταν κτισμένο σε τοποθεσία με πανοραμική θέα. Από το μοναστήρι σήμερα διακρίνονται τα ερείπια των κελιών, ενώ σώζεται σε καλή κατάσταση το καθολικό του, το οποίο φέρει ένα κλίτος που τέμνεται από ένα εγκάρσιο.
Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.