Η σημερινή πόλη της Ιεράπετρας είναι κτισμένη θέση που βρισκόταν η αρχαία πόλη Ιεράπυτνα. Το σημερινό της όνομα Ιεράπετρα προηγήθηκαν άλλα ονόματα όπως Κύρβα, Κάμιρος, Πύτνα, Ιεράπυτνα.
Η θέση της Ιεράπυτνας στο πιο στενό σημείο της Κρήτης ήταν στρατηγική για τις εμπορικές συναλλαγές της εποχής. Μνημεία έχουν εντοπιστεί διάσπαρτα κάτω από τη σημερινή σύγχρονη πόλη, ενώ μετά το 2013 αποκαλύφθηκε το αρχαίο θέατρο στα Βιγλιά.
Η πόλη είχε κύριο αντίπαλο την πόλη Πραισό στα όρη της Σητείας, την οποία και κατέστρεψε ολοκληρωτικά το 155πΧ. Τότε η Ιεράπυτνα απέκτησε τη μεγαλύτερη επικράτεια στην Κρήτη, αφού το 150πΧ είχε έκταση από τον Τσούτσουρα ως και την περιοχή του Ξερόκαμπου. Ο κυριότερος της αντίπαλος στη συνέχεια ήταν η Ίτανος, δίπλα στο σημερινό Βάι. Μήλον της έριδος με την Ίτανο υπήρξε η νήσος Λεύκη, η οποία ήταν σημαντική για την επεξεργασία του κοχυλιού της πορφύρας.
Κατά τη ρωμαϊκή εποχή, η Ιεράπυτνα ήκμασε και έγινε μια από τις πιο κοσμοπολίτικες πόλεις της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας στην Κρήτη. Στα δυτικά της πόλης σώζεται και σήμερα η Ναυμαχία, κάτι σαν ένα υδάτινο θέατρο όπου γινόταν αναπαραστάσεις ναυμαχιών. Παράλληλα το λιμάνι της έγινε ιδιαίτερα σημαντικό λόγω της εύκολης πρόσβασης προς την Αίγυπτο.
Η Ιεράπετρα διατήρησε τη σημασία της κατά τη διάρκεια της Πρώτης Βυζαντινής Περιόδου, αλλά αργότερα καταστράφηκε από τους Άραβες. Κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας, οι Ενετοί έδωσαν ξανά μεγάλη σημασία στην πόλη και στην οχύρωση της, κατασκευάζοντας το κάστρο της Ιεράπετρας και μεγαλώνοντας το λιμάνι με το φρούριο Καλές μετά το 1626. Ίχνη του τείχους υπάρχουν ακόμη και σήμερα.