Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Αρκουδόσπηλιος 
Ο Αρκουδόσπηλιος ή το Σπήλαιο της Παναγίας της Αρκουδιώτισσας βρίσκεται στο Ακρωτήρι Χανίων, 2km βόρεια της μονής Γουβερνέτου, μέσα στο φαράγγι Αυλάκι που συνδέει τη μονή με την Μονή Καθολικού. Η σπηλιά είναι γνωστή για τον βράχο σε σχήμα αρκούδας, που έκανε στην αρχαιότητα το σπήλαιο λατρευτικό χώρο της Άρτεμης.
Το Σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται βόρεια του χωριού Πατσός Αμαρίου, μέσα στο πανέμορφο καταπράσινο Φαράγγι της Πατσού ή του Αγίου Αντωνίου. Το Σπήλαιο αυτό ονομάζεται και ως Σπήλαιο του Κραναίου Ερμή, καθώς ήταν ο τόπος λατρείας του Κραναίου Ερμή, όπως προκύπτει από την αναθηματική επιγραφή "Ερμή Κραναίω, Δώρος Στεφάνω ευχήν".
Το σπηλαιοβάραθρο «Γουργούθακας» αποτελεί το μεγαλύτερο σε βάθος σπηλαιοβάραθρο της Ελλάδος και το δεύτερο στα Βαλκάνια. Η πρόσβαση είναι σχεδόν αδύνατη και γίνεται μόνο από έμπειρες σπηλαιολόγους. Το δεύτερο μεγαλύτερο σπηλαιοβάραθρο της ελλάδας ανήκει και πάλι στην Κρήτη και είναι γνωστό ως Ταφκούρα. Βρίσκεται στην τοποθεσία «Ατζίνες» των Λευκών Ορέων και Ανατολικά της κορυφής του Αγίου Πνεύματος, στην περιοχή Μελιδονίου Αποκορώνου.
Βρίσκεται κοντά στο ομώνυμο χωριό των Σφακίων, σε μια απόκρημνη πλαγιά, στη θέση Σκορδαλάκια, πήρε την ονομασία του από τα φυτά που φυτρώνουν εκεί, στο δρόμο από Ασφέντου προς Καλλικράτη και έχει μπροστά του ένα πλάτωμα με έκταση 2000 περίπου τετραγωνικά μέτρα.
Το υπόγειο ποτάμι του Σάρχου ή Χώνος ή Νυχτεριδόσπηλιο βρίσκεται στα δυτικά του χωριού Σάρχου, σε υψόμετρο 276m. Αποτελεί ένα από τα μεγαλύτερα και σημαντικότερα σπήλαια της Κρήτης, το οποίο είναι ιδιαίτερα αγαπητό στους σπηλαιολόγους λόγω της πολυπλοκότητάς του και του μεγάλου μήκους του. Οι συνολικές διαδρομές στο σπήλαιο ξεπερνούν σε μήκος τα 1500m, ενώ το βάθος του σπηλαίου αγγίζει τα 230m. Η είσοδος έχει 4.5m πλάτος και 3m ύψος.
Πάνω στο μονοπάτι που οδηγεί από τον Άγιο Ιωάννη Καπετανιανών στη Μονή Κουδουμά υπάρχει ένα εντυπωσιακό σπήλαιο με σχήμα Δ, μέσα στο οποίο υπάρχει το μικρό εκκλησάκι του Αγίου Αντωνίου.
Το σπήλαιο Δρακόλακκοι ή Δρακουλάκι είναι ένα μεγάλο υπόγειο ποτάμι που βρίσκεται στις νότιες πλαγιές του Όρους Θοδωρής των Λευκών Ορέων, στην πάνω μεριά του φαραγγιού της Αράδαινας. Ουσιαστικά αποτελεί την αρχή ενός από τα βασικά ρέματα που ενώνονται και δημιουργούν την Αράδαινα.
Σπήλαιο Αγίας Δύναμης στην Αργυρούπολη 
Ο σπηλαιώδης ναός της Αγίας Δύναμης βρίσκεται στην Αργυρούπολη. Μέσα σε αυτόν υπάρχει η τεράστια πηγή της Άγιας Δύναμης από όπου υδρεύεται σχεδόν όλο το Ρέθυμνο. Εντός του ναού υπήρχε ένα εντυπωσιακό ψηφιδωτό του Χριστού, το οποίο έχει αντικατασταθεί με μία απλή εικόνα και έχει μεταφερθεί στο μουσείο του Ρεθύμνου.
