Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Ειλειθυίας στον Τσούτσουρα 
Το σπήλαιο της Ινατίας Ειλειθυίας στον Τσούτσουρα θεωρείται από τα σπουδαιότερα λατρευτικά σπήλαια της αρχαιότητας, από τα πρωτογεωμετρικά χρόνια ως και τα πρωτοχριστιανικά (5ος αιώνας). Εδώ λατρευόταν η Ειλείθυια, κόρη του Δία και της Ήρας, που ήταν η θεά του τοκετού.
Βρίσκεται στη θέση Πετραδολάκια σε υψόμετρο 1.480 μέτρων, 13 χλμ περίπου νότια των Ανωγείων. Συγκαταλέγεται στα σπηλαιοβάραθρα και το εξερευνημένο του βάθος είναι 860 μέτρα και το συνολικό του μήκος 6.570 μέτρα. Θεωρείται ως το μεγαλύτερο και βαθύτερο σπηλαιοβάραθρο του Ψηλορείτη ενώ κατέχει την 3η θέση πανελληνίως.
Το σπήλαιο αυτό ανακαλύφθηκε τυχαία το 1976 κατά τη διάρκεια εργασιών διάνοιξης δρόμου. Πρόκειται για ταφικό σπήλαιο που χρησιμοποιήθηκε κυρίως κατά τη Νεολιθική και Μινωική περίοδο. Στο σπήλαιο γινόταν κυρίως απόρριψη των νεκρών από ψηλά, όπως μαρτυρούν τα συσσωρευμένα οστά και κρανία. Επίσης, έχουν βρεθεί πολλά κτερίσματα.
Ο Τάφκος στα Πετραδολάκια, είναι από τα πρώτα βάραθρα που εξερευνήθηκαν από Γάλλους σπηλαιολόγους τη δεκαετία του '70 και για μια δεκαετία θεωρούνταν το βαθύτερο σπήλαιο της Κρήτης. Αυτή τη στιγμή είναι το 2ο βαθύτερο στην περιοχή του Ψηλορείτη, μετά την Ταφκούρα.
Το σπήλαιο Λέων ανακαλύφθηκε επίσημα την Κυριακή 11 Αυγούστου 2008 από μια Γάλλο-Ελληνική σπηλαιολογική αποστολή στα Λευκά Όρη Χανίων (περιοχή Ατζινόλακος, κοιν. διαμ. Μελιδονίου, στον Δήμο Φρε). Ωστόσο η ύπαρξη του έγινε γνωστή πριν από λίγα χρόνια κατά την διάρκεια αποστολής του Γαλλικού συλλόγου Catamaran.
Δυτικά από τη Μονή Κουδουμά, βρίσκεται το Αββακόσπηλιο, ένας σπηλαιώδης ναός στον οποίο ασκήτευε κατά τον 7ο αι. ο Όσιος Κοσμάς και θάφτηκε το σκήνωμα του, σύμφωνα με την παράδοση.
Ο Ατζιγανόσπηλιος βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από το χωριό Αδριανός (10 λεπτά), στη θέση Νοτικό Χλαμπούτι στις Κουκίστρες. Απέχει 25km περίπου από τον Άγιο Νικόλαο και ανήκει στην κοινότητα των Ζενίων, την οποία συναντούμε κατά την άνοδο μας προς το Οροπέδιο Λασιθίου από την Νεάπολη.
Ο Κυνηγόταφκος ή Τάφκος της Συκιάς βρίσκεται στις Γωνιές, στη θέση Βοσκερό σε υψόμετρο 1092 μέτρων, 40 χλμ περίπου δυτικά του Ηρακλείου. Συγκαταλέγεται στα βάραθρα και το εξερευνημένο του βάθος είναι 70 μέτρα.
