Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Έξω Λατσίδι 
Στη θέση «Πατέλια», περί το 1 χιλ. ΒΔ της Σιτάνου, σε υψόμετρο 610 μ. διανοίγεται σε lουρασικό ασβεστόλιθο στο σπήλαιο Όξω Λατσίδι, ένα από τα μεγαλύτερα σπήλαια της Κρήτης. Αρχικά ήταν βατό μόνο για 50 μ. Αργότερα μελετήθηκε στην ολότητά του από τον Ρ. Faure και χαρτογραφήθηκε από τους Ελ. Πλατάκη και Ι. Τσιφετάκη βρέθηκε δε επιμήκης γαλαρία μήκους 360μ.
Βρίσκεται δυτικά του παραθαλάσσιου οικισμού της Μιλάτου σε υψόμετρο 70μ. και διαθέτει δύο εισόδους που λόγω της πυκνής βλάστησης δεν είναι αρκετά εμφανείς. Η μία είσοδος είναι βαραθρώδης με 4μ. βάθος, ενώ η κύρια είσοδος, με 1,5μ. πλάτος, οδηγεί σε ένα κατηφορικό διάδρομο μήκους 6μ. που καταλήγει σε πέρασμα 0,5μ.x0,5μ.
Λίγα μέτρα Νοτιο-Ανατολικά από την είσοδο του Χαϊνόσπηλιου, βρίσκεται το σπήλαιο «Χαμωτό Σπηλιάρι», το οποίο έχει μήκος 32 μέτρα, μέγιστο πλάτος 6 μέτρα και ύψος 6 μέτρα. Ένα μικρό σπήλαιο, που όμως έχει τη γοητεία του και απαιτεί καλή εξερευνητική ματιά!
Ο Χώνος Σιτάνου είναι σπήλαιο - καταβόθρα στην περιοχή της Σιτάνου, όπου υπάρχουν γενικά πολλά σπήλαια. Το συνολικό μήκος των διαδρομών του είναι 400m και το βάθος του 94μ.
Ο Νταντουλάς ή Maxime είναι σπηλαιοβάραθρο στην περιοχή Νταντουλάς του Βρυσιδίου Σητείας. Έχει συνολικό μήκος διαδρομών 760m, βάθος 260μ και καταλήγει σε σιφόνι. Διαθέτει πολύ πλούσιο διάκοσμο και χαρακτηρίζεται ως ένα «ζωντανό μουσείο γεωλογικής ιστορίας» της περιοχής.
Στη βόρεια πλευρά του όρους Μπομπιάς ανάμεσα στο Φόδελε και στην Αγία Πελαγία Ηρακλείου υπάρχει ένα μικρό και άγνωστο σπήλαιο. Στην πραγματικότητα πρόκειται για μια μακριά βραχοσκεπή που σχηματίζουν τα εντυπωσιακά ψαμμιτικά πετρώματα που κυριαρχούν στο κομμάτι αυτό σπάζοντας τη μονοτονία των ασβεστόλιθων που κυριαρχούν σε όλη την υπόλοιπη περιφέρεια του Μπομπιά.
Το Σπήλαιο Πλατύβολο βρίσκεται κοντά στο χωριό Κατσιδώνι Σητείας. Εδώ έχουν εντοπιστεί ίχνη αρχαιολογικής αξίας.
Απέναντι ακριβώς από τον αιωνόβιο πλάτανο στα Κεραμωτά Μυλοποτάμου Ρεθύμνου συναντάμε το σπήλαιο της Βρύσης των Κεραμωτών. Το σπήλαιο αυτό παρά το σχετικά μικρό του βάθος είναι πραγματικά εκπληκτικό. Από το βάθος του σπηλαίου πηγάζει αρκετό νερό που έχει αρκετή ροή όλο το χρόνο και αυτή η πηγή είναι που για πολλά χρόνια έπαιρνε νερό το χωριό και για αυτό το λόγο ονομάστηκε Βρύση. Πριν αρκετά χρόνια το σπήλαιο της Βρύσης είχε πολύ μικρή έξοδο από όπου και έβγαινε το νερό. Από την μικρή του όμως τρύπα φαινότανε το μεγαλύτερο πλάτος της εσωτερικής του αίθουσας από όπου πήγαζε το νερό.
