Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Μικρό και Μεγάλο Κατωφύγι 
Κοντά στον Άγιο Γεώργιο Σητείας (ή Τουρτούλοι) βρίσκονται τα δύο σπήλαια Μικρό και Μεγάλο Κατωφύγι (μέγιστο μήκος εσωτερικών διαδρομών 100m). Το Μεγάλο Κατωφύγι βρίσκεται ΒΔ του Αγίου Γεωργίου στη θέση Ρούσσου Χαράκι-Τσουλούφια. Έχει διανοιχθεί σε Ιουρασικό ασβεστόλιθο σε υψόμετρο 450μ.
Το σπήλαιο είναι δυσπρόσιτο. Για να μπει κανείς μέσα χρειάζεται σχοινί, γιατί στο στόμιο υπάρχει απότομο κατέβασμα 2 μέτρα. Πρόκειται για ένα κλιμακωτό βάραθρο, με συνολικό μήκος γαλαριών 430 μέτρα. Μέσα υπάρχει λίμνη και απαιτεί εξοπλισμό για να τη διαβείς. Πρόκειται για το δεύτερο σε μήκος σπήλαιο της επαρχίας Μαλεβιζίου. Στη Σπηλιάρα κρύβονταν οι κάτοικοι του Αστυρακίου στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, όταν βομβάρδιζαν οι Γερμανοί.
Το Σπήλαιο Γαϊδουρότρυπα βρίσκεται δυτικά της Κριτσάς, κοντά στο δρόμο που οδηγεί στο οροπέδιο Καθαρό και κοντα στο σημείο που συγκροτήθηκε το Τμήμα Ανατολικής Κρήτης του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδος το 1947 υπό τον Ιωάννη Ποδιά.
Το ενάλιο σπήλαιο του Σφακιά δεν είναι απλά ένα θαλάσσιο σπήλαιο αλλά ένα σύστημα από τρύπες και αίθουσες μοναδικής ομορφιάς. Έχει 6-7 διαφορετικές εισόδους τόσες όσες κανένα άλλο θαλασσόσπηλιο στην Κρήτη. Από κάθε είσοδο μπορεί κάποιος να μπει και σε άλλη περιοχή και αίθουσα του σπηλαίου πάντα κολυμπώντας.
Στο πλέον απομακρυσμένο κομμάτι της ανατολικής ακτής της Κρήτης συναντάμε το σπήλαιο της Αλογαράς. Το όνομα Αλογαρά δεν έχει να κάνει με το άλογο αλλά προέρχεται μάλλον από τη λέξη λογάρι. Βρίσκεται στην περιφέρεια του χωριού που για αιώνες έφερε το εντυπωσιακό όνομα Τσω το οποίο δυστυχώς τα τελευταία χρόνια μετονομάστηκε σε Αγία Τριάδα Σητείας, ακολουθώντας μια ατυχή μόδα μετονομασίας πολλών ιστορικών χωριών της Κρήτης.
Λίγο έξω από το χωριό Καλή Συκιά Αγίου Βασιλείου Ρεθύμνου και πάνω στο δρόμο που οδηγεί στο σχεδόν απόκοσμο οροπέδιο που υπάρχει το εκκλησάκι του Αποστόλου Ανδρέα συναντάμε το σπήλαιο Χώνος στην ομώνυμη περιοχή. Η είσοδος του είναι εντελώς κρυμμένη από θάμνους και ίσα ίσα χωρά έρποντας ένα άτομο να εισχωρήσει μέσα, ενώ το σημείο που βρίσκεται δεν προιδεάζει για την ύπαρξη σπηλαίου.
Νότια του χωριού Κρούστας, 14 χλμ από τον Άγιο Νικόλαο, υπάρχει το ιστορικό σπήλαιο Τάφος Λημέρι. Στο σπήλαιο αυτό, την περιόδο της Γερμανικής Κατοχής, έβρισκαν καταφύγιο οι αντάρτες του ΕΑΜ και το χρησιμοποιούσαν ως ορμητήριο τους. Όπως συμβαίνει πάντα, η θέση τους αποκαλύφθηκε από προδοσία και ο γερμανικός στρατός τους συνέλαβε και τους εκτέλεσε επί τόπου.
Ο Τάφκος της Μαύρης είναι βάραθρο που βρίσκεται πάνω από το χωριό Βισταγή, σε υψόμετρο 1,450 μ. και με συνολικό εξερευνημένο βάθος τα 200 μ. με κάθετα κατεβάσματα των 50 μ. και τεράστιες αίθουσες που φτάνουν τα 1500 τμ. Εδώ υπάρχουν σκελετοί από Κρητικούς Αίγαγρους, που έχουν εξαφανιστεί από τον Ψηλορείτη από την περίοδο της Τουρκοκρατίας.
