Οι κέδροι της Κρήτης (είδη Juniperus macrocarpa και Juniperus phoenicea) σχηματίζουν μερικά από τους σπουδαιότερα οικοσυστήματα στην Κρήτη, τα κεδροδάση στις αμμοθίνες της Νότιας Κρήτης. Η οικολογική σημασία των αμμοθινών είναι τεράστια για την βιοποικιλότητα και την ύπαρξη σπάνιων ζώων και φυτών.
Η ελιά έχει ανακηρυχθεί από τον Σύνδεσμο Ελαιοκομικών Δήμων Κρήτης ως μνημειακή λόγω του σχήματος και εξαιρετικής αισθητικής του ανάγλυφου κορμού, που θυμίζει διάφορες παραστάσεις ξυλογλυπτικής.
Η μονή της Παναγίας της Παλιανής είναι ένα από τα αρχαιότερα μοναστήρια της Κρήτης, κτισμένη κοντά στο Βενεράτο Ηρακλείου. Σήμα κατατεθέν της Παλιανής είναι η Ιερή Μυρτιά, ένα αιωνόβιο δέντρο το οποίο μάλιστα εορτάζει 24 Σεπτεμβρίου (Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας).
Το Ανέγνωρο ή Αμπελιτσά (επιστ. Zelkova abelicea) είναι ενδημικός θάμνος ή μικρό δένδρο της Κρήτης με ύψος 3-5 μέτρα. Αποτελεί μοναδικό είδος του γένους Zelkova, της οικογένειας Ulmaceae και χαρακτηρίζεται ως ζωντανό απολίθωμα. Το όνομα "Ανέγνωρο" το πήρε επειδή όταν ανακαλύφθηκε, δεν γνωρίζαν τι είδος είναι.
Ένα από τα κοινά ενδημικά του νησιού είναι και ο περίφημος Κρητικός Έβενος (Ebenus Cretica) που παρά το ότι λέγεται έβενος δεν είναι κάποιο δέντρο αλλά πολυετής θάμνος. Φυτρώνει σε πραγματικά αξιοσημείωτους πληθυσμούς σε σχετικά χαμηλά υψόμετρα κυρίως στους νομούς Λασιθίου και Ηρακλείου και πολύ λιγότερο στο Ρέθυμνο και στα Χανιά.
Στη Κρήτη υπάρχει μια εξαιρετικά σπάνια και ενδημική ποικιλία πλατάνων (Platanus orientalis var. Cretica), με περίπου 50 δέντρα να έχουν αναφερθεί σε όλο το νησί. Το χαρακτηριστικό της ποικιλίας αυτής είναι ότι είναι αειθαλής, δηλαδή δεν ρίχνει τα φύλλα της το χειμώνα, σε αντίθεση με τους κοινούς φυλλοβόλους πλάτανους.
Η μαλοτήρα (Sideritis syriaca), γνωστή κι ως τσάι του βουνού ή καλοκοιμηθιά, είναι ποώδες φυτό ή θάμνος 10-50cm που απαντάται στα υψηλά υψόμετρα της Δυτικής Κρήτης (άνω των 900m). Το είδος είναι ενδημικό της Κρήτης και η ονομασία του syriaca (αντί για cretica) προέρχεται πιθανόν από σύγχυση του βοτανολόγου που την ονομάτισε.
Σε ολόκληρη την Κρήτη υπάρχουν πολλά δέντρα που λόγω του εντυπωσιακού τους σχήματος ή λόγω της ηλικίας τους έχουν χαρακτηριστεί μνημειακά και προστατεύονται από την πολιτεία. Ένα από αυτά είναι και ο πλάτανος στη γειτονιά Μιχελιανά στο χωριό Βλάτος Κισσάμου. Το γραφικό χωριό Βλάτος απλώνεται σε πολλές γειτονιές πνιγμένες κυριολεκτικά στο πράσινο στο ανώτερο τμήμα της κοιλάδας του ποταμού Τυφλού πριν αυτός εισέλθει στο άγριο Τοπολιανό φαράγγι.