Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μουσείο Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.
Η παλαιοντολογική συλλογή του Δήμου Ρεθύμνου, που έχει παραχωρηθεί στο Μουσείο, αποτελεί τη βάση του υλικού. Ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να γνωρίσει ένα σημαντικό μέρος της εξελικτικής πορείας της Κρήτης, των γεωλογικών και παλαιοντολογικών μεταβολών που υπέστη σ’ ένα βάθος χρόνου 300 εκατομμυρίων ετών. Πρωτότυπα ευρήματα των ενδημικών θηλαστικών σε αναπαραστάσεις σε πραγματικό μέγεθος και σε ανατομική διάταξη πλαισιώνουν την παρουσίαση. Ξεχωρίζουν οι νάνοι κρητικοί ελέφαντες, οι νάνοι ιπποπόταμοι και τα πολύμορφα κρητικά ελάφια, ιδιαίτερα το ροπαλοφόρο ελάφι του Ρεθύμνου (Candiacervus ropalophorus), το οποίο και αποτελεί το λογότυπο του Μουσείου.
Στον κατάλληλα διαμορφωμένο κήπο 2.5 στρεμμάτων, έχουν ήδη φυτευτεί δέντρα και φυτά που ευδοκιμούν στην Κρήτη, όπως πλάτανοι, νεραντζιές, κουτσουπιές, ελιές, χαρουπιές, κρητικοί φοίνικες, πικροδάφνες και δάφνες, καθώς και θάμνοι, όπως αγριοτριανταφυλλιές, λεβάντα, δίκταμο, λυγαριές και δεντρολίβανο
Στο Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου υλοποιούνται σήμερα ποικίλες εκδηλώσεις, ξεναγήσεις, εκπαιδευτικά προγράμματα και δραστηριότητες σε μαθητές, αλλά και ειδικές ξεναγήσεις σε Έλληνες και ξένους επισκέπτες.