Η Κρήτη έχει περιορισμένους υδάτινους πόρους, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και των καιρικών φαινομένων που επικρατούν. Για την επάρκεια του νησιού, κατασκευάζονται φράγματα και τεχνητές δεξαμενές, που σε σύντομο χρόνο μετατρέπονται σε σημαντικούς υδροβιότοπους, εμπλουτίζοντας τη βιοποικιλότητα του νησιού.
Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες με νερό όλο το χρόνο βρίσκονται στον Τερσανά Χανίων, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στην Ορνέ, στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, στο Στρούμπουλα, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη και σε πολλά άλλα σημεία. Τεχνητές λίμνες που μπορεί κάποιος να παρατηρήσει πουλιά βρίσκονται στην Αγυιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Αλμυρός Αγίου Νικολάου 
Ο υγρότοπος του Αλμυρού βρίσκεται πολύ κοντά στην πόλη του Αγίου Νικολάου, αποτελώντας ένα πραγματικό παράδεισο για την περιοχή. Πρόκειται για μια ελώδη περιοχή 48 στρεμμάτων που τροφοδοτείται μόνιμα με υφάλμυρο νερό από καρστικες πηγές. Η μέση ετήσια παροχή είναι περίπου 2000 λίτρα/δευτερόλεπτο.
Στο άνυδρο και άγονο Πάνω Μεραμπέλο που αποτελεί ένα μεγάλο τμήμα του νομού Λασιθίου η έλλειψη νερού ιδιαίτερα τα παλαιότερα χρόνια ήτανε το μεγαλύτερο πρόβλημα στην προσπάθεια για επιβίωση. Η παντελής έλλειψη πηγαίων νερών ανάγκασε τους ανθρώπους να στραφούν στο βρόχινο νερό του χειμώνα, η αποθήκευση του οποίου ήτανε μονόδρομος για την επιβίωση τη δική τους αλλά και των ζώων τους.
Η μικρή λίμνη της Καταλυκής (Κάτω Αλυκής) βρίσκεται δίπλα στην παραλία του Κόκκινου Πύργου, περίπου 2 χλμ δυτικά του Τυμπακίου. Ο υγρότοπος παλαιότερα αποτελούσε ενιαίο υδροβιότοπο με το δέλτα του Γεροποτάμου, αλλά οι δρόμοι, η μείωση του νερού και η χρήση γης από το αεροδρόμιο Τυμπακίου, την έχουν αποκόψει από το κυρίως δέλτα.
Δίπλα στο μοναδικό σπίτι στο Γαϊδουρονήσι Ιεράπετρας στην τοποθεσία Σπήλιος συναντάμε την παλιά αλυκή όπου παρήγαγαν αλάτι κατά την αρχαιότητα. Το χειμώνα το σημείο μετατρέπεται σε μια μικρή λίμνη με υφάλμυρο νερό και αποτελεί πόλο έλξης κυρίως για αποδημητικά πτηνά.
Ένα από τα μνημεία που αναδεικνύει την ακμή της αρχαίας Ιεράπετρας ήταν η «ναυμαχία», ένα θαλάσσιο θέατρο όπου τελούνταν αιματηρές παραστάσεις ναυμαχιών από φυλακισμένους και δούλους της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και αποτελούσε ουσιαστικά τη μεταφορά σε θαλάσσιο περιβάλλον των μαχών στις αρένες.
Στη νότια μερια του οροπεδίου Ομαλού στα Λευκά Όρη και σχετικά κοντά στην αρχή του φαραγγιού της Σαμαριάς σχηματίζεται ένα εποχικό λιμνίο, έκτασης περίπου 8 στρεμμάτων, το οποίο το χειμώνα καλύπτεται από χιόνια. Το χειμώνα στο οροπέδιο σχηματίζονται κι άλλες μικρές λίμνες.
Το Φραγκοκάστελο γεμάτη κόσμο και ομπρέλες το καλοκαίρι, κρύβει μια απίθανη έκπληξη κατά τη διάρκεια του χειμώνα που λίγοι ξέρουν. Τον υγρότοπο του, που καταλαμβάνει μια τεράστια έκταση από το κάστρο μέχρι και την παραλία του Βατάλου. Όλη η περιοχή δυτικά του επιβλητικού κάστρου είναι γεμάτη καλαμιώνες και δημιουργούνται σε μια απόσταση 2 χιλιόμετρων περίπου διαφορετικές λιμνούλες οι οποίες φιλοξενούν αρκετά αμφίβια και πτηνά.
Το φράγμα του Χαλαυριανού ποταμού βρίσκεται στην αγροτική περιοχή Χάλαβρα της περιφέρειας των Πάνω Αρχανών, νότια του Γιούχτα, ανάμεσα στο Χουδέτσι και στον Προφήτη Ηλία. Ο Χαλαυριανός χείμαρρος, από τον οποίο τροφοδοτείται η τεχνητή αυτή λίμνη, αποτελεί παραπόταμο του Γιόφυρου Ποταμού.
