Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Αγίας Μαρίνας στη Βόνη 
Η μονή της Αγίας Μαρίνας βρίσκεται 500m νότια από το χωριό Βόνη και την ημέρα της εορτής της (17 Ιουλίου) συγκεντρώνει το περισσότερο πλήθος πιστών από οποιοδήποτε άλλο μοναστήρι στην Κρήτη, με ουρές χιλιομέτρων από αυτοκίνητα και υπαίθριους πάγκους μικροπωλητών.
Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25km δυτικά του Ηρακλείου και 3km νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού.
Η Ιερά Μονή Οσίας Ειρήνης Χρυσοβαλάντου Ηρακλείου (εορτ. 28 Ιουλίου), βρίσκεται στις νότιες παρυφές της πόλης. Ιδρύθηκε, ως Ανδρώα Κοινοβιακή Μονή στις 14 Απριλίου 2002 από τον Μεθόδιο Σαμαριτάκη. Σήμερα αριθμεί λίγους μοναχούς που ασχολούνται με την παραγωγή κεριού και θυμιάματος κ.α.
Η Μονή Βροντησίου βρίσκεται 49km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, κοντά στο Βοριζιανό φαράγγι, ανάμεσα στα χωριά Ζαρός και Βορίζια σε μια περιοχή με πανορανική θέα στον κάμπο της Μεσαράς. Η μονή είναι αφιερωμένη στον Άγιο Αντώνιο και αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια στην Κρήτη.
Η Μονή Κεράς Καρδιωτίσσης βρίσκεται 50km νοτιοανατολικά του Ηρακλείου, σε μια κατάφυτη περιοχή της Βόρειας Δίκτης, δίπλα στον δρόμο που οδηγεί στο Οροπέδιο Λασιθίου. Πρόκειται για ένα ιστορικό μοναστήρι, από το οποίο έχουν πάρει το όνομα τους οι οικισμοί Κερά και Άνω Κερά.
Η μονή Παναγίας Θεογεννήτορος βρίσκεται πολύ κοντά στο Μοχό Ηρακλείου και είναι κτισμένη σε τοποθεσία με μοναδικά θέα στις ακτές της Σταλίδας. Το μοναστήρι, αν και νεώτερο, έχει αποκτήσει μεγάλη φήμη κυρίως λόγω του ιδρυτή του μοναστηριού, μοναχού Απόστολου.
Η Μονή του Αγίου Αντωνίου Απεζανών είναι κτισμένη σε ένα βραχώδες υψίπεδο των Αστερουσίων Όρεων, σε υψόμετρο 440m, περίπου 63km νότια του Ηρακλείου. Από το σημείο αυτό ξεκινάει η μεγάλη κοιλάδα του Αντισκαρίου που καταλήγει στα Πλατειά Περάματα.
Το ανδρικό μοναστήρι του Τιμίου Σταυρού Καρδαμούτσας είναι κτισμένο πολύ κοντά στον οικισμό Καρύδι, σε υψόμετρο 540m. Παρόλο που στον περιβάλλοντα χώρο υπάρχουν πολλά δέντρα, η περιοχή είναι κυρίως βραχώδης με πολλά πρινάρια. Στην είσοδο του μοναστηριού θα δείτε ένα πελώριο πρίνο όπου σύμφωνα με την παράδοση όποιος πάει να κόψει ένα κλαδί του κόβεται το χέρι.
